macでインフォマティクス

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HTS (NGS) 関連のインフォマティクス情報についてまとめています。

shannon diversity index

メタゲノムデータセットのカバレッジを推定する Nonpareil 3

2021 4/27 誤字修正 2018年のNonpareil3の論文より メタゲノムデータセットに基づく微生物群集の多様性の推定は、不十分な網羅性やリファレンスデータベースに依存する多様性の推定に起因するバイアスの影響を受け、その程度は未知数であることが多い。例え…

メタゲノムの生合成遺伝子クラスター予測と多様性評価を行う BiG-MEx

微生物は、特殊な代謝経路の酵素をコードする物理的にクラスタ化された遺伝子である生合成遺伝子クラスター(BGC)を発現することにより、膨大な種類の天然物を生産している。これらの天然物は、工業的・医学的利用価値の高い幅広いケミカルクラス(アミノグ…