shannon diversity index
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進化研究においては、生命のあらゆる領域にわたるゲノム情報の広範な調査が必要である。GenBankを通じて多数のゲノムが利用可能であるにもかかわらず、ゲノム情報の効果的な可視化や比較は、そのサイズなど多くの理由から困難である。ゲノムファイルを解析す…
2018
mSystems
abundance estimation in metagenomics data
metagenome
shannon diversity index
microbial diversity
2021 4/27 誤字修正 2018年のNonpareil3の論文より メタゲノムデータセットに基づく微生物群集の多様性の推定は、不十分な網羅性やリファレンスデータベースに依存する多様性の推定に起因するバイアスの影響を受け、その程度は未知数であることが多い。例え…
2021
Preprint
secondary metabolites
gene cluster
docker
shannon diversity index
metagenome
ヒト腸内 (human gut)
Marine Metagenomics
tree
高速なツール
natural product
微生物は、特殊な代謝経路の酵素をコードする物理的にクラスタ化された遺伝子である生合成遺伝子クラスター（BGC）を発現することにより、膨大な種類の天然物を生産している。これらの天然物は、工業的・医学的利用価値の高い幅広いケミカルクラス（アミノグ…
