複数のライブラリにまたがるエンリッチメント解析を行う Enrichr-KG

遺伝子およびタンパク質セットのエンリッチメント解析は、オミックス実験から収集されたデータの解析において重要なステップである。Enrichrは、数十万件の注釈付き遺伝子セットを含む、人気のある遺伝子セットエンリッチメント解析ウェブサーバー検索エンジ…

2021-12-13

包括的な遺伝子セットのエンリッチメント解析ウェブサーバー Enrichr

fish yeast C. elegans SARS-CoV-2 disease gene set enrichment analysis GO enrichment analysis KEGG pathway human genome

エンリッチメント解析は、ゲノムワイド実験で得られた遺伝子セットを解析するための一般的な手法である。ここでは、Enrichrと呼ばれるこの分野のツールの1つを大幅に更新した。Enrichrには、現在、解析やダウンロードが可能な多様な遺伝子セットライブラリの…

2021-04-19

機能的エンリッチメント解析のためのウェブツール WebGestalt

2019 Nucleic Acids Research web tool human genome マウス GO term GO enrichment analysis drug resistance phenotype disease

WebGestaltは、大規模な-オミクス研究から得られた遺伝子リストを解釈するための人気のツールである。2019年のアップデートでは、WebGestaltは12の生物、342の遺伝子識別子、155 175の機能カテゴリをサポートしており、ユーザーがアップロードした機能データ…

2020-10-22

（TCGA）インタラクティブな遺伝子発現解析のためのWebアプリケーション Phantasus

web tool RNA seq PCA Pathway proteome heatmap copy number variations gene set enrichment analysis human whole genome disease docker multi-omics methylation analysis variant calling on RNAseq TCGA

2020 10/25 追記 Phantasusは、視覚的でインタラクティブな遺伝子発現解析のためのウェブアプリケーションである。Phantasusは、ヒートマップの可視化と解析のためのWebベースのソフトウェアMorpheusをベースにしており、OpenCPU APIを介してR環境に統合され…

2020-10-12

発現領域を視覚化する vizER

human genome database disease non-coding RNA Science Advances 2020

ヒトの遺伝子アノテーションが不完全なままであることを示唆する証拠が増えてきているが、それが異なる組織にどのように影響し、異なる疾患の理解にどのような影響を与えるかは不明である。ここでは、41のヒト組織のGenotype-issue Expression RNAシーケンス…

2019-10-04

ヒトのバリアントを視覚化したりフィルタリングできるwebツール VCF/Plotein

2019 Bioinformatics human exome VCF annotation variant ranking filtering web tool human genome disease

エクソームシークエンシング（ES）は、多数のヒト表現型および疾患に寄与する遺伝的変異を同定することにおいて非常に成功している (Gilissen et al., 2011; Do et al., 2012).。しかしながら、疾患を引き起こす変異および突然変異を同定する実際のプロセス…

2019-09-26

Human Phenotype Ontology (HPO)データベース（Exomiserについて紹介）

2019 Nucleic Acids Research Human Phenotype Ontology (HPO) web tool Disease VCF human exome

鑑別診断 (differential diagnostics, wiki) およびトランスレーショナルリサーチの基盤となるのは、詳細な表現型の特定である: 詳細な個々の臨床異常のコンピューター分析である（ref.1,2）。 Human Phenotype Ontology（HPO, wiki）は、計算によるdeep phe…