macでインフォマティクス

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HTS (NGS) 関連のインフォマティクス情報についてまとめています。

連鎖地図

階層的ガイドゲノムアセンブラ HGGA

De novoゲノムアセンブリでは、通常、完全なゲノムではなく、コンティグのセットが作成される。そのため、ゲノムの完全な構造を決定するためには、遺伝的連鎖地図、オプティカルマップ、Hi-Cデータなどの追加データが必要となる。従来の研究では、コンティグ…

染色体の遺伝子密度マップを描く DensityMap

2021 3/14 修正 ゲノムデータを可視化するためのツールはいくつか存在する。GbrowseやJbrowseのようないくつかのツールは、小さなゲノム領域に対しては非常に効率的であるが、ゲノム全体には適していない。また、PhenogramやCViTのように、ゲノム全体の可視…

ロングリードのリファレンスガイドアセンブリや連鎖地図のマーカーによるガイドアセンブリを行う Kermit

ハイスループットな第二世代シーケンシング技術は、大規模な新規アセンブリを可能にし、そして一般化した。しかしながら、それらのショートリード長は今日でも大きな問題を引き起こしている。1分子リアルタイムシークエンシング(SMRT)およびオックスフォ…