macでインフォマティクス

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HTS (NGS) 関連のインフォマティクス情報についてまとめています。

2022-10-01から1ヶ月間の記事一覧

複数の配列(multi-fastaファイルなど)を1つに配列に結合するEMBOSSのunionコマンド

EMBOSSのunionコマンドを使うと、複数の配列を読み込み、それらを連結して1つの配列として書き出すことができます。 EMBOSS union https://emboss.sourceforge.net/apps/cvs/emboss/apps/union.html multi fastaファイルを指定する。 union -filter mulit-se…

BAM/SAM/CRAM、VCF、FASTQ、GFF3の効率的な圧縮器 genozipのバージョン14アップデート

2022/12/05, 06 HP更新 Genozip は、広く利用されている FASTQ、BAM、VCF ファイル形式を含む、幅広いゲノムデータの圧縮を行う。ここでは、BAMおよびCRAMファイルの圧縮に焦点を当てた、Genozip技術の最新の進歩を紹介する。様々な種類の研究(全ゲノムシー…

ODGI のextractコマンド

ODGI のextract コマンドは、パンゲノムグラフから目的の遺伝子座を抽出し、パンゲノムグラフのサブグラフを作成する。チュートリアルでは、このextract コマンドを使い、6人+chm13細胞株の7つのハプロイドヒトゲノムアセンブリから得られた13のコンティグ…

ODGI のdepthコマンド

ODGI のdepthコマンドは、グラフのデプスをプリントする。チュートリアル(link)では、このdepthコマンドを使い、44人の個人からのハプロイドフェージングされた第8番染色体の88個の配列のパンゲノムバリエーショングラフから個体間で共通してデプスが減少…

Graphiaによるパンゲノムグラフの可視化のサポートスクリプト GraPPLE

2024/02/26 追記 GraPPLEは、Graphia (Pubmed) によるパンゲノムグラフの可視化支援スクリプトです。細菌のパンゲノムグラフの活用法について学ぶためには、最近出たこちらの論文(link)がとても参考になりました。 Githubより GraPPLEのスクリプトは、バク…

PanGenome Graphを構築する PGGB

Githubより pggb は入力配列から pangenome variation graph を作成する。pangenome variation graph は一般的な多重配列アライメントの一種で、ある生物種または生物群におけるゲノム要素の完全な集合をモデル化したものです。パンゲノムは、配列グラフの一…

パンゲノムグラフのためのツール ODGI

Pangenomeグラフは、ゲノムコレクションの相互アラインメントを完全に表現するものである。このモデルは、構造的に複雑な領域を含む集団の全ゲノム多様性を研究する機会を提供する。しかしながら、パンゲノムグラフを用いた数百ギガスケールのゲノムの解析は…

BAMインデックス(bam.bai)ファイルを細かく切り刻む chopBAI

シーケンサーの性能向上により、かつてないほど大量のゲノムデータが生成されるようになった。このようなデータの処理では、例えば、多数のサンプルにわたって小さなゲノム領域を解析する場合、しばしばI/Oボトルネックが発生する。しかし、最も大きなI/O負…

新規ミトコンドリアゲノムをショートリードから直接アセンブルする OGA

レポジトリより OGA(Organelle Genome Assembler)は、遠縁の生物種、あるいはオルガネラ遺伝子をリファレンスとして、オルガネラゲノムをアセンブルする。オルガネラゲノム(プラストーム)を組み立てるために、以下の4つのステップを実施する。(1)生のショ…

オミックスデータを簡単に可視化できるWebアプリケーション GraphBio

オミックスデータは大量に生産され、通常、高度な可視化解析が必要とされる。これらの解析にはプログラミングのスキルが必要な場合が多く、実験生物学者にとっては難しい。したがって、より使いやすいツールが早急に求められている。 本発表では、オミックス…

原核生物パンゲノムのプロファイリングのための包括的データベース ProPan 

従来の比較ゲノム解析と比較して、近年のパンゲノミクス研究は、種のゲノム動態、分類・同定、病原性、環境適応について、さらなる洞察をもたらしている。そこで、原核生物のパンゲノム動態を包括的にプロファイリングするために、古細菌23種、細菌1,481種(…