EMBOSSのunionコマンドを使うと、複数の配列を読み込み、それらを連結して1つの配列として書き出すことができます。 EMBOSS union https://emboss.sourceforge.net/apps/cvs/emboss/apps/union.html multi fastaファイルを指定する。 union -filter mulit-se…

2022/12/05, 06 HP更新 Genozip は、広く利用されている FASTQ、BAM、VCF ファイル形式を含む、幅広いゲノムデータの圧縮を行う。ここでは、BAMおよびCRAMファイルの圧縮に焦点を当てた、Genozip技術の最新の進歩を紹介する。様々な種類の研究（全ゲノムシー…

ODGI のextract コマンドは、パンゲノムグラフから目的の遺伝子座を抽出し、パンゲノムグラフのサブグラフを作成する。チュートリアルでは、このextract コマンドを使い、6人＋chm13細胞株の7つのハプロイドヒトゲノムアセンブリから得られた13のコンティグ…

ODGI のdepthコマンドは、グラフのデプスをプリントする。チュートリアル（link）では、このdepthコマンドを使い、44人の個人からのハプロイドフェージングされた第８番染色体の88個の配列のパンゲノムバリエーショングラフから個体間で共通してデプスが減少…

2024/02/26 追記 GraPPLEは、Graphia (Pubmed) によるパンゲノムグラフの可視化支援スクリプトです。細菌のパンゲノムグラフの活用法について学ぶためには、最近出たこちらの論文（link）がとても参考になりました。 Githubより GraPPLEのスクリプトは、バク…

Githubより pggb は入力配列から pangenome variation graph を作成する。pangenome variation graph は一般的な多重配列アライメントの一種で、ある生物種または生物群におけるゲノム要素の完全な集合をモデル化したものです。パンゲノムは、配列グラフの一…

Pangenomeグラフは、ゲノムコレクションの相互アラインメントを完全に表現するものである。このモデルは、構造的に複雑な領域を含む集団の全ゲノム多様性を研究する機会を提供する。しかしながら、パンゲノムグラフを用いた数百ギガスケールのゲノムの解析は…

シーケンサーの性能向上により、かつてないほど大量のゲノムデータが生成されるようになった。このようなデータの処理では、例えば、多数のサンプルにわたって小さなゲノム領域を解析する場合、しばしばI/Oボトルネックが発生する。しかし、最も大きなI/O負…

レポジトリより OGA(Organelle Genome Assembler)は、遠縁の生物種、あるいはオルガネラ遺伝子をリファレンスとして、オルガネラゲノムをアセンブルする。オルガネラゲノム（プラストーム）を組み立てるために、以下の4つのステップを実施する。(1)生のショ…

オミックスデータは大量に生産され、通常、高度な可視化解析が必要とされる。これらの解析にはプログラミングのスキルが必要な場合が多く、実験生物学者にとっては難しい。したがって、より使いやすいツールが早急に求められている。 本発表では、オミックス…

従来の比較ゲノム解析と比較して、近年のパンゲノミクス研究は、種のゲノム動態、分類・同定、病原性、環境適応について、さらなる洞察をもたらしている。そこで、原核生物のパンゲノム動態を包括的にプロファイリングするために、古細菌23種、細菌1,481種（…