genome assembly reconciliation
パンコムギ（Triticum aestivum L.）は最も広く栽培されている作物の一つであるが、増大する世界人口の予測需要に対応するために収量を増加させることが大きな課題である。気候変動に関連した収量損失は、21世紀半ばまでに17～31%に及ぶと予測されており（Ob…
過去10年にわたるシーケンシング技術の大きな進歩にもかかわらず、第2世代シーケンシングリードを用いたゲノムアセンブリは依然として複雑な問題のままである。これは主に、ゲノムの構造の繰り返しと、大量のデータ、短いリード長及びフラグメント長、不均一…
Pos 最近の全ゲノムシーケンシング（WGS）技術のコストの低下は、様々な原核生物のシーケンシングの増加をもたらした。典型的なゲノミクスプロジェクトでは、データマイニングの前にシーケンシングリードを処理する必要がある（Hasman et al、2014; Rhoads e…
真核生物ゲノムの大部分は、それらを組み立てるというアルゴリズム上の課題のために未完成である。 様々なアセンブリやスキャフォールディングツールが利用できるが、特定のゲノムサイズや複雑さにどのツールやパラメータを使用するかは必ずしも明らかではな…
2019 6/10 インストール追記 2019 6/11 sparsehashインストール追記 次世代シーケンシング（NGS）技術の出現により、生物圏のすべての生物を事実上 シーケンシングでききるようになった[論文より ref.1]。 NGS技術は、非常に高いデータ生産量を特徴としてお…
2019 6/10 追記 2019 6/11 関連ツール追記 ゲノムアセンブリプロジェクトでは、通常、単一の最良のアセンブリを見つけるために複数のアルゴリズムを実行するが、それらのアセンブリには、未開発の場合は補完的な長所と短所がある。 本著者らは、ゲノムの複数…
2019 6/11 インストール追記、タイトル修正 ドライの計算技術およびウエット実験技術を利用して、ドラフトゲノムからゲノムを再構築する様々な方法が存在するが、それらはアセンブリの一部のみを生成する。したがって、異なる方法によって作製されたアセンブ…
2019 6/11 追記 ゲノムアセンブリ構築の利点を得ることを妨げる課題の中には、未完成のアセンブリおよびその後の実験的な費用の両方がある。第一に、ゲノムデノボアセンブリのための多数のソフトウェアソリューションが利用可能であり、それぞれがその長所と…
