UniProt
2024/02/026 誤字修正 AlphaFindは、AlphaFold DBの全構造セットにおいて、構造に基づいた高速検索を提供するウェブベースの検索エンジンである。他のタンパク質処理ツールとは異なり、AlphaFindは3次構造に完全に焦点を当てており、各タンパク質鎖の主要な3…
ゲノムの解析と比較は、アノテーション、オルソロジー予測、系統推論などのタスクのために、さまざまなツールに依存している。しかし、ほとんどのツールは単一のタスクに特化しており、結果を統合して可視化するためにはさらなる努力が必要である。このギャ…
MusiteDeepは、タンパク質の翻訳後修飾（PTM）部位の予測および可視化のためのディープラーニングフレームワークを提供するオンラインリソースである。この予測ツールは、タンパク質の配列のみを入力とし、複雑な特徴を必要としないため、多数のタンパク質に…
Annotation Query (AnnoQ) (http://annoq.org/)は、ヒトの遺伝子バリアントに対して包括的かつ最新の機能アノテーションを提供するために設計されている。このシステムは、Haplotype Reference Consortium (HRC) の約3900万個のヒトバリアントに、WGSAによる…
2022/07/12 修正 2023/03/05 追記 2024/05/08 追記 オミックスやメタオミックス技術は、微生物の機能を探索するための強力なアプローチだが、オミックスデータセットの大きさと複雑さにより、その解析はしばしば困難な課題となる。オミックスやメタオミック…
2022/07/10誤字修正、07/12誤字修正 2022/07/28 ツイート追記 2024/10/09 追記 Universal Protein Resource (UniProt)は、European Bioinformatics Institute (EBI) (*2)とSIB Swiss Institute Bioinformaticsが共同研究して構築している知識ベースである(*1…
分子生物学や細胞生物学の分野において、様々な機能要素を持つ生体配列を可視化することは、科学的成果を発表する上で基本的なことである。しかし、現在使用されているアプリケーションの限界により、生物学的な模式図の作成にはまだかなりの課題が残ってい…
遺伝子間の進化的関係を明らかにすることは、比較生物学研究の基本である。ここでは、SHOOTを紹介する。SHOOTは、ユーザからのクエリー配列を系統樹のデータベースと照合し、クエリー配列が正しく配置された系統樹を返す。SHOOTはBLAST検索に匹敵する速度で…
明けましておめでとうございます。 今年もよろしくお願い致します。 パンプロテオームとは、closely related (高度に関連した)生物群（例えば、同じ細菌種の複数の株）によって発現されると考えられるタンパク質の完全な集合のこと（panはギリシャ語で"whole…
パスウェイ解析はオミックス研究で広く用いられている。パスウェイベースのデータ統合と可視化は、解析の重要な要素である。このニーズに応えるために、本著者らは、Pathviewという新しいRパッケージを開発した。Pathviewは、多種多様な生物学的データを分子…
細菌ゲノムや古細菌ゲノムの完全シークエンスから単一の遺伝子配列とコンテキストを検索することは、ウェットベンチ生物学者にとっては気が遠くなるような作業である。既存のウェブベースのゲノムブラウザは、日常的に使用するには複雑すぎるか、原核生物ゲ…
Scalable Vector Graphics (SVG) は、拡張可能なマークアップ言語 (XML) ベースのベクトル画像フォーマットであり、png, gif, jpg のような他の一般的な画像フォーマットのようにぼやけたピクセル化をすることなく、任意の解像度に拡張可能である。この形式…
微生物のDNAは日常的に抽出され、配列決定され、ゲノムにアセンブリされている。回収されたゲノムの品質を推定することは、不完全なゲノムや汚染されたゲノムが公表されるのを防ぐために非常に重要である。シングルコピーマーカー遺伝子（SCMG）は、新たにア…
全ゲノムショットガンシーケンスは、分類学的分類の再評価を推進し、シングルセルゲノミクスの出現は生物多様性に関する知識を大きく広げている(1)。これらすべての応用分野において、分類学的分類に関するオリジナルの文献を検索するよりも、配列データを直…
2020 2/4 追記 UniProtのRetrieve/ID mappingサービスを使用すると、UniProt accessions IDからGenbankの配列、PDBのID、Entrez Gene ID、GI nnumber、タンパク質のアノテーションなどに変換できる。 Converting UniProt identifiers to external identifers…
シーケンスの類似性を検出するためのプロファイル隠れマルコフモデル（HMM）の使用は広く普及している。それらの人気は、いくつかの関連およびアラインされた配列を使用してプロファイルHMMを構築できるという事実に由来し、それを使用して大きなシーケンス…
2022/06/25追記 eggNOG 5.0のペーパーより 分化イベント後に共通の祖先から分岐したオルソログを同定することは、分子生物学および進化生物学における基本的な課題である。 duplication eventの後に分岐した配列であるパラログと比較して、オルソログは長い…
ゲノムシーケンスは、タンパク質の機能が決定される速度をはるかに超えて、新規タンパク質の発見を加速している（ref,1）。ゲノムシーケンスを解釈し、これらの予測されたタンパク質の役割のアノテーションを付けるには、新規タンパク質と特徴付けられたタン…
UniProt（ref.1）やGenBank（ref.2）などの公共データベースのタンパク質配列の数は、さまざまな大規模ゲノミクスプロジェクト（ref.3〜5）のために急速に増加している。急速な成長により、多くのアプリケーションが代表的なサブセットで動作するようになっ…
近年、シーケンスの数が著しく増加している。これにより、データベース検索（ref.1〜4）がますます長くなり、無料のコンピューティングサービスと事前に計算されたデータベースが閉鎖に追い込まれたりまたは依存するようにクラウドソーシング（ref.5〜7）に…
遺伝子の機能解明は、バイオインフォマティクスを含む現代の生物学における中心的な問題の1つである。体系的な機能的アノテーションのために、GOは遺伝子機能の語彙（以後、term）として広く使われている[ref.1]。 GO termは、term間の親の関係が表されてい…
2021 10/7 論文引用 正確なfunctional annotationを持つタンパク質は、生物学的研究に不可欠である。残念ながら、タンパク質配列の大部分は機能的に特徴付けられていない。つまり、実験的に検証されたアノテーションはない。ハイスループットシーケンスの進…
UniRefデータベース (UniProt Reference Clusters) は、UniProtナレッジベースと選択されたUniParcレコード（UniParc link）からクラスター化されたシーケンスセットを提供し、複数の解像度（100％、90％、50％の同一性）でシーケンススペースを完全にカバー…
シーケンシング技術開発はガン研究に革命をもたらした。約20年に及ぶ発展後、次世代シーケンシング（NGS）は速くて手頃な価格になっている。それは精密医療を臨床の現実にした。 NSGは、臨床現場での治療法を個別化し、研究情報を広げるための包括的なビッグ…
2021 4/13 誤字修正 2015年のペーパーより ゲノム配列中のタンパク質をコードする遺伝子および偽遺伝子を同定するための新しい方法の開発は、ゲノム時代における主要なチャレンジの一つである。実験的アプローチによってもたらされた並外れた支持に加えて、…
タンパク質データベースのますます加速する成長により配列類似性および配列保存によるタンパク質機能研究に対して大きな可能性が提供される。しかしながら、これらのデータベースに蓄積された膨大な数のタンパク質配列はデータを分析しそしてオーガナイズす…
種はそれらの遺伝子型および表現型によって一義的に定義することができる。この遺伝子型および表現型は非常に密接に絡み合っており、追加の環境コンポーネントがこの関係の広い理解を複雑にしている。表現型、または形質は、生物の遺伝情報にある程度依存し…
ハイスループットシーケンシング技術の出現により、植物ゲノムシーケンシングは加速し、そしてデータは作物改良のために利用されてきている（Bevan and Uauy 2013）。大量の植物ゲノム配列の蓄積は、比較ゲノミクスデータベースの構築（Mihara et al、2010、…
2019 1/16 テストラン追加、diamondデータベースbuidコマンドエラー修正 2019 1/19 diamondデータベースbuidコマンド修正 2019 1/21 追記 2019 6/22 インストール追記 2020 7/29 シミュレーション追記 2020 9/29 追記 2021 9/1 ビルドコマンド修正( リンク修…
2018 10/30 コード修正 2019 10/11 インストール追記、関連ツールリンク追記 2019 10/12 help追記、 2020 2/1 間違ったdockerリンク消去 de novo transcriptomeのアノテーションツールとしてblast2GOがよく知られているが、Trinotateというツールが発表され…
