UTR
Genomics Proteomics Bioinformatics
2019
filtering
bacterial annotation
eukaryotic genome annotation
GFF
UTR
公開されたゲノムには、オープンリーディングフレーム、開始点、スプライスサイト、および関連する構造的特徴の同定に関連する問題を表す誤った遺伝子モデルが含まれていることが多い。これらの矛盾の原因は、ロングリードのアラインメントと予測された遺伝…
reference genome
Insects
UTR
lncRNA
Horizontal gene transfer (HGT)
Gene family
Viruses
web tool
Nucleic Acids Research
2022
昆虫は地球上で最大の動物群であり、資源の提供、病気の媒介、農作物生産の被害など、人間の生活に大きな影響を及ぼしている。近年、昆虫のゲノムや遺伝子のデータが大量に生成されている。これらのリソースを管理、共有、マイニングするためには、包括的な…
2022
Bioinformatics
GTF
intron
UTR
transcription start site (TSS)
differential exon usage (DEU)
independent intron
bed
Ensembl
遺伝子中心のバイオインフォマティクス研究では、遺伝子モデルを操作して、スプライスサイト、プロモーター、独立イントロン、非翻訳領域（UTR）など、遺伝子の様々な特徴を計算または抽出することが頻繁に行われる。遺伝子モデルは、GTF(Gene Transfer Form…
GFF
GTF
format conversion
ab initio gene prediction
reciprocal best hit
filtering
intron
UTR
ENA
eukaryotic genome annotation
pseudogene
mask
2023/02/27 intron addに追記 HPより AGATは、あらゆる種類のGTFやGFFの欠落情報（特徴や属性）をチェック、修正、追加し、完全でソートされた標準的なgff3形式を作成する能力を備えている。長年にわたり、GTF/GFFフォーマットファイルに関連するあらゆるタ…
非モデル生物のアノテーションは未解決の問題であり、特に非翻訳領域（UTR）の検出が重要である。UTRの正確なアノテーションはトランスクリプトーム解析において各遺伝子の発現を正確に把握するために非常に重要であるが、アノテーションパイプラインではほ…
