macでインフォマティクス

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HTS (NGS) 関連のインフォマティクス情報についてまとめています。

2023-10-01から1ヶ月間の記事一覧

MAGの株レベルでの定量を可能にする MAGinator

2023/10/10 追記 メタゲノムシーケンスはマイクロバイオームの特性解析に大きな利点をもたらしたが、現在利用可能な解析ツールには、菌株レベルの分類学的解像度と存在量の推定を、アセンブルされたゲノムの機能プロファイリングと組み合わせる能力が欠けて…

ショートリードアセンブリからプラスミドコンティグを同定する PLASMe

プラスミドは、重要なアクセサリー遺伝子を運ぶ移動性の遺伝性エレメントである。プラスミドをカタログ化することは、細菌間の遺伝子の水平伝播を促進するプラスミドの役割を解明するための基本的なステップである。次世代シーケンサー(NGS)は、今日、新し…