index
現在、最もポピュラーなシグナルレベル解析は、ソフトウェアNanopolish/f5cを用いたDNAメチル化プロファイリングである。この使用例をもとに、ハイパフォーマンス・コンピューティング(HPC)システムでのFAST5データ解析について解析した(論文補足説明2)…
Githubより COBS(COmpact Bit-sliced Signature index)は、invertedインデックスとブルームフィルタを掛け合わせたものである。DNAサンプルのk-merやテキスト文書のq-gramsをインデックス化し、ユーザが選択したカバレッジ閾値を持つコーパスに対して近似…
2024/02/04追記、02/06追記 コマンドラインやゲノムビューアで局所的なゲノム特徴を調べる場合、指定された領域に重なる特徴を検索するインターバルクエリを頻繁に実行する必要がある。インターバルクエリを数回しか行わない場合には、データファイル全体を…
2020 10/14 タイトル変更 manual http://samtools.github.io/bcftools/bcftools.html BCFtools HowTo Extracting information from VCFs bcftoolsのインストール Github #bioconda (link)conda install -c bioconda -y bcftools > bcftools # bcftools Progr…
本研究では、配列の索引付けを行い、データセットのコレクションに渡ってその豊富さを記録する新しい計算手法であるREINDEERを紹介する。これまでのところ、他の方法では、大規模なデータセットに対して効率的なインデックス付けを行うことができなかったが…