macでインフォマティクス

macでインフォマティクス

HTS (NGS) 関連のインフォマティクス情報についてまとめています。

2026-01-28から1日間の記事一覧

SingularityコンテナのGUI環境を提供する Colony

バイオインフォマティクスパイプラインは、再現可能な解析を可能にするために、FAIR基準を満たす必要がある。FAIRは、再現可能な研究に必要な4つの主要要件、すなわち、検索可能性、アクセス可能性、相互運用性、再利用性を規定している。Singularityなどの…

メタゲノムアセンブリのマルチサンプルbinning

2026/01/28 追記、誤字修正 今回はmetagenomic binningについてです。Albertsenらは、2013年の論文(Albertsen et al., 2013)で、DNA抽出方法だけ変えて同じサンプルを繰り返しショットガンシークエンスし、DNA抽出効率の違いによる菌体のカバレッジ共存在量情…