macでインフォマティクス

macでインフォマティクス

HTS (NGS) 関連のインフォマティクス情報についてまとめています。

taxonomically restricted genes (TRGs)

キュレーションされたBUSCOセット(CUSCOs)を使ってCompleasm によるアノテーション精度を向上させる phyca

ユニバーサルシングルコピーオルソログは、ゲノムの最も保存された構成要素である。これらは進化の歴史の研究や新しいアセンブリの評価に日常的に使用されているが、現在の方法は利用可能なゲノムデータからの情報を組み込んでいない。本研究ではまず、進化…

ディスペンサブル遺伝子(dispensable genes)を評価する QUOD

系統(種、属、高次のクレード)における遺伝子の非消耗性は、多くのゲノムシーケンスプロジェクトがパンゲノームレベルに移行するにつれて重要性を増している。ほとんどの解析では、遺伝子を、調査対象となったすべてのゲノムに存在する「コア遺伝子」と、…

遺伝子ファミリーの起源を推論する GenEra

GenEra(https://github.com/josuebarrera/GenEra)は、DIAMONDを用いたgene-family founder inference framework(遺伝子ファミリーの起源となる遺伝子の推論フレームワーク)で、ゲノム系統分類における相同性検出の失敗など、これまで指摘されてきた限界…