taxonomically restricted genes (TRGs)
2025
BMC Biology
BUSCO
orthologue
taxonomically restricted genes (TRGs)
duplication
plant
animal
fungi
phylogenetic marker genes
phylogenetic tree Inference
phylogenetic tree viewer
Insects
ゲノム比較 (comparative genomics)
ユニバーサルシングルコピーオルソログは、ゲノムの最も保存された構成要素である。これらは進化の歴史の研究や新しいアセンブリの評価に日常的に使用されているが、現在の方法は利用可能なゲノムデータからの情報を組み込んでいない。本研究ではまず、進化…
2021
Plant Methods
plant
phylogenetic marker genes
dispensable genes
taxonomically restricted genes (TRGs)
pan-genome
系統(種、属、高次のクレード)における遺伝子の非消耗性は、多くのゲノムシーケンスプロジェクトがパンゲノームレベルに移行するにつれて重要性を増している。ほとんどの解析では、遺伝子を、調査対象となったすべてのゲノムに存在する「コア遺伝子」と、…
2023
Genome Biology
orphan gene
taxonomically restricted genes (TRGs)
Genomic phylostratigraphy
docker
高速なツール
GenEra(https://github.com/josuebarrera/GenEra)は、DIAMONDを用いたgene-family founder inference framework(遺伝子ファミリーの起源となる遺伝子の推論フレームワーク)で、ゲノム系統分類における相同性検出の失敗など、これまで指摘されてきた限界…