2021年の論文より UCSF ChimeraX は、UCSF Chimera に続く、Resource for Biocomputing, Visualization, and Informatics (RBVI) による次世代対話型可視化プログラムである。ChimeraXは、(a) パフォーマンスとグラフィックスの大幅な向上、(b) Chimeraで最…

2020 7/2 誤字修正 2021 4/27 v5の論文リンク追加 2022 8/27追記 2024/04/21 v6論文追加 系統樹は、生物学やその他の科学分野において重要なツールであり、様々なデータタイプのコンテキスト化としても機能している。このことは、このような系統樹を作成する…

2020 2/6 タイトル修正 近年、完全（complete）なゲノムとドラフトゲノムの数は急速に増加しており、これらのゲノムの遺伝子の機能的特性と生物学的役割の特定を自動化することがますます重要になっている。 KEGGデータベースでは、Smith–Watermanスコアを使…

FaBoxは、生物学者や医学研究者がシーケンスデータを使用して典型的なタスクを迅速に実行できるようにする、シンプルで直感的なWebサービスのコレクションである。 このサービスを使用すると、シーケンスヘッダーを簡単に抽出、編集、置換し、ヘッダー情報に…

2021 6/11 minimus2のコマンドを修正 MInumusのpaper（Sommer et al., 2007）より 大規模な全ゲノムシークエンシングプロジェクトの課題に対処するためのアルゴリズムの必要性に応えて、ゲノムアセンブラは非常に大きく複雑になっている。しかし、アセンブラ…

Cintenyは類似の生物間のゲノム配列を比較し、Synteny block（wiki）で描画するツール。人やマウスなどのデータについてはビルド済みのwebサーバーが提供されており、すぐにゲノム比較を行うことができる。 webサーバー http://cinteny.cchmc.org 使い方につ…

シーケンスされる長さより短いライブラリサイズのシーケンスを行うと、3'側にアダプタやバーコードが出現する。このような汚染配列があると、後の解析に悪影響を与える可能性があるため、クオリティチェックの時に除くのが望ましい。AlienTrimmerはユーザが…

Primiqueは特異的なプライマーを自動設計してくれるツール。高い相同性を持つ遺伝子ファミリーからなるような配列から特異的、または縮退した配列を設計するのに重宝する。 webサーバー http://cgi-www.cs.au.dk/cgi-chili/primique/front.py how to use htt…

2020 8/22 関連ツールリンク追記 2023/02/28 追記 fastaからrRNA配列を探すツール。アノテーションに使えるのはもちろんだが、それだけでなく、de novo transcriptome解析などで、rRNAにマッピングされるリードを排除するため、rRNAをもれなく検索したい時な…