macでインフォマティクス

macでインフォマティクス

HTS (NGS) 関連のインフォマティクス情報についてまとめています。

Linked reads

Linked readを使ってスキャフォールディングを行う ARBitR

ゲノムアセンブリの連続性は、構造的なリアレンジメント、遺伝子の順序、発散したゲノム間のシンテニー、遺伝子バリアント間のリンケージ、ゲノムの反復領域などを解析するために重要である。アセンブリの連続性はスキャフォールディングによって改善するこ…

Linked readを使ってクロモソームスケールのアセンブリを行う ARKS

ARCSより 10×Genomics(10×G、Pleasanton、CA)のChromiumシークエンシングライブラリー調製プロトコルは、Illuminaシーケンシング(San Diego、CA)ベースで長いDNA断片上にショートリードとバーコード情報を提供しローカライズさせる。したがって、高スル…

Linked readsを使ってミスアセンブリを検出する tigmint

ショートリード・シーケンシング・データのアセンブリは、シーケンシング・ライブラリのフラグメント・サイズよりも大きいリピート配列によって容易に混乱させられる。リピートのサイズがライブラリのフラグメントサイズを超えると、コンティグは最善のケー…

ロングリードを使ってcontigのscaffoldingを行う LINKS

2019 6/1 help追加、インストール追記 ロングリードシークエンシング技術はここ数年で急速に成熟し、ゲノムアセンブリへのロングリードの利点は欠かせないものになった[論文より ref.1]。最近、複数グループがエラーの多いロングリードから完全なバクテリア…

Linked readsのシミュレーターLRSIM

Linked readsは、長鎖の単分子DNAをエマルジョンの中に閉じ込めて断片化し、固有のバーコード配列を付加することで、一定の領域内に同じタグ付きのリードを調整する手法。100万くらいの多様なバーコードを持ったライブラリをiiluminaでシーケンスして、バー…