macでインフォマティクス

macでインフォマティクス

HTS (NGS) 関連のインフォマティクス情報についてまとめています。

ab initio gene prediction

ショートリードの遺伝子予測の高速化 FragGeneScanRs

FragGeneScanは現在、短くてエラーが起こりやすいリードの遺伝子予測に最も正確で人気のあるツールであるが、その実行速度は大規模データセットで使用するには不十分である。この問題を解決するはずの並列化も非効率的であった。その代替実装であるFragGeneS…

De novo遺伝子予測やメタゲノムの機能アノテーションなどに対応したeggNOG-Mapper v2

遺伝子の自動機能アノテーションは、ほとんどのゲノムおよびメタゲノムワークフローにおいて基本的なステップであるにもかかわらず、大規模なスケールでは依然として困難である。本研究では、事前に計算されたorthology assignmentsに基づいて機能アノテーシ…

バクテリアやアーキアの遺伝子を予測するProdigal(メタゲノムデータセットにも対応)

2019 5/8 インストール追記 2021 7/13 help更新 ProdigalはDynamic Programmingの方法論により効率的にバクテリアやアーキアの遺伝子を探すツール。既存の方法は様々存在するが、本手法はまずインプットゲノムを分析してモデルを構築し、それから遺伝子を予…