macでインフォマティクス

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HTS (NGS) 関連のインフォマティクス情報についてまとめています。

Genes

KofamKOALAのアノテーション結果からKEGGオルソログを抽出する KEGG_Extractor

KEGG Orthology (KO) データベースは、ほとんどの微生物の機能アノテーションを行うことができる、広く使われている分子機能参照データベースである。現在、機能的なオルソログをアノテーションするためのKOエントリーに基づく多くのKEGGツールが存在する。…

RNA-Seqデータの包括的かつ効率的な解析のためのウェブアプリケーション OneStopRNAseq

過去10年間で、大量のRNAシーケンス(RNA-seq)データが公開リポジトリに寄託され、さらに前例のない速度で生産されている。しかし、汎用性が高く、RNA-seqデータセットの包括的な解析を合理的に行うことができる、ポイント&クリックのインターフェースを持…

複数条件下での時間経過トランスクリプトームデータを解析するためのウェブサービス TimesVector-Web

遺伝子発現データの時間経過解析は、ある生物学的メカニズムの時間経過に伴う遺伝子発現の変調パターンを明らかにするのに有利である。例えば、正常者と癌患者のコホートなど、2つの条件間で有意に差のある発現遺伝子(DEG)を検索することは一般的に行われ…