macでインフォマティクス

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HTS (NGS) 関連のインフォマティクス情報についてまとめています。

Ecology and Evolution

系統樹の可視化と操作のための柔軟でモジュール性のGUIソフト TreeViewer

系統樹は、分類群間あるいは遺伝子間の進化的関係を示す。樹形図は結果やデータを提示する際に非常に重要であり、明確で効果的なプロットを作成することで、研究者は多くの種類の進化パターンを説明することができる。しかし、系統樹を作成するのは時間のか…

ロングリードアンプリコンのソートとコンセンサス配列の構築のためのツール amplicon_sorter

オックスフォード・ナノポア・テクノロジーズ(ONT)は、携帯可能で低コストなシーケンスの可能性から、生態学研究において人気を集めている第3世代のシーケンサー技術である。この技術はロングリードのシーケンスを得意とするが、アンプリコンのシーケンス…

De novoトランスクリプトームアセンブリで誤ってアセンブリされたキメラ転写産物を除去する Bellerophon

トランスクリプトームの品質管理は、RNA-Seq実験において重要なステップである。しかし、de novo アセンブルされたトランスクリプトームの品質を評価することは、アセンブルを比較するリファレンスゲノムがないために困難である。本著者らは、キメラ配列の除…