metabolism
Comparative Genome Dashboardは、生物間の遺伝子機能の類似点と相違点をインタラクティブに探索するためのウェブベースのソフトウェアツールである。このツールは細胞機能のハイレベルなグラフィカルな調査を提供し、興味のあるサブシステムをより詳細に調…
新規の異化酵素とトランスポーターを発見するために、本著者らは29のバクテリアのハイスループット遺伝子データと、異化経路のギャップを見つける自動化ツールを組み合わせた。GapMind for carbon sourcesは、細菌および古細菌ゲノムにおける62種類の化合物…
生合成遺伝子群（BGCs）にコードされた酵素や酵素複合体によって、さまざまな生理活性物質が生産されている。これらのBGCは、そのDNA配列に基づいて同定され、機能的な注釈が付けられる。さらなる研究開発のための候補は、その機能的なアノテーション、既知…
微生物のゲノムスケールの代謝モデルは、生物の遺伝子型から表現型を予測するための強力なフレームワークである。しかし、手動での再構築は手間がかかる一方で、自動再構築では既知の代謝プロセスを再現できないことがよくある。gapseqは、精査された反応デ…
BMC Bioinformatics. 2010 Apr 29;11:213 COBRA（Constraint Based Reconstruction and Analysis）フレームワークに基づくゲノムスケールの代謝再構成は、生物の代謝能力を解析し、実験データを解釈するための貴重なツールである。このような再構成や解析手…
2019/10/24 MetaCycの結果追記 2021 1/27 誤字修正 ゲノムアノテーションは、文字通り、アセンブリされたDNA分子の特徴の注釈である。そのような特徴は、そもそも、タンパク質をコードする遺伝子[「オープンリーディングフレーム」（ORF）]およびリボソーム…
