Evidence-driven gene prediction
2008
Genome Biology
Evidence-driven gene prediction
ab initio gene prediction
eukaryotic genome annotation
2023/02/15 追記 EVidenceModeler (EVM) は、真核生物の遺伝子構造を自動アノテーションするツールであり、真核生物の遺伝子構造を、利用可能なすべての証拠の重み付きコンセンサスとして報告するものである。EVMは、Program to Assemble Spliced Alignments…
2019
Methods in Molecular Biology
Evidence-driven gene prediction
eukaryotic genome annotation
2018
BMC Bioinformatics
Nucleic Acids Research
2016
明けましておめでとうございます。今年もよろしくお願いいたします。 今年も忙しくなりそうなので、更新できるタイミングがあれば積極的に更新していきます。 GeMoMaは、進化的に関連するリファレンス種の遺伝子モデルを基に、対象種の遺伝子モデルを予測す…
2020
Microbiome (Journal)
k-mer
metagenome
生物種の推定 (taxonomic profiling)
GFF
Evidence-driven gene prediction
2020 7/26 更新完了 メタゲノミクスは、微生物とその生物学的、生物医学的、地球化学的プロセスへの関与の研究に革命をもたらしており、事前の培養を必要とせずに、膨大な数の生物を直接シーケンスして調査することが可能になっている。単細胞真核生物は、主…
2019
Genome Biology
RNAseqの定量
RNA seq
isoform
assembly
Pacbio
Nanopore long read
de novo transcriptome
Reference-assisted assembly
GTF
2022
PLOS Computational Biology
hybrid assembly
Evidence-driven gene prediction
2020 7/1 インストール方法追記, コマンド追記 2020 7/2 タイトル修正 2020 7/27 merge追記 2022/06/09 論文引用 2022/12/10, 12/28追記 2023/01/21 レポジトリURL修正 RNAシーケンス（RNAシーケンス）データセット内の転写産物の量を測定することは、細胞の…
