macでインフォマティクス

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HTS (NGS) 関連のインフォマティクス情報についてまとめています。

Gigabyte

アダプタートリミングと低品質塩基のトリミングを行う並列化実装 Atria

2022/03/13 文章修正 2022/03/15 誤字修正 次世代シーケンサーの進歩により、リードに付着したアダプターや低品質の塩基が 直接的に、あるいは暗黙のうちに、ダウンストリーム解析の妨げとなる。たとえば、偽陽性 一塩基多型(SNP)、断片化したアセンブリが…

Oxford Nanoporeリードのアセンブリ smartdenovo

2021 3/9 追記 SMARTdenovoは、PacBioおよびOxford Nanopore(ONT)データ用の新しいアセンブラ。 エラー訂正なしでリードをアライメントしてアセンブリを生成する。 SMARTdenovoはいくつかの独立したコマンドラインツールで構成されている:rawリードのall …