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web tool
2019
GigaScience
bacteria
archaea
metagenome
annotation
taxonomic assignment
abundance estimation in metagenomics data
microbial eukaryotes
iMicrobeは、研究者自身のデータを公開し、精選された微生物のメタゲノムデータセットと分析のための高性能コンピューティング(HPC)メソッドに接続するプラットフォームである[ref.1]。過去10年間で、シーケンシングのコストはムーアの法則をはるかに上回…
次世代シーケンシング(NGS)技術は、 Single Nucleotide polymorphism(SNP)発見のためにゲノムを大規模にリシーケンシングすることを容易にした。そのようなプロジェクト中に発見された何千ものSNPは、生物学的解釈および計算解析のためにいくらかの困難…
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Preprint
structural variations (SV)
human genome
高速なツール
automatic pipeline
genotype
docker
copy number variations
2018 10/26 エラー修正 2018 10/28 エラー修正 2019 3/2 追記 2019 6/11 twitter追記 2019 7/1 dockerインストールをlatestタグに修正=>エラーがあったため0.1.17に戻した 2019 12/18 説明微修正 2020 12/22 論文引用 構造変異(SV)は、ゲノムの大きな(50b…
GUIツール
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bioinfomatics tools
database
インフォマティクス解析をサポートするツール
2017
Journal of Visualized Experiments (JoVE)
CyVerse
初心者向け
2019 1/10 追記 Cyberinfrastructureは、直訳するとサイバー空間のインフラとなる。計算科学の分野では大規模な計算化学の課題に対する解決策を提供するもの、というような意味で使われている(wiki)。CyVerseはこのCyberinfrastructureを提供する、様々な…