metazoa
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Methods in Ecology and Evolution
2021
web tool
phylogenetic tree viewer
education
animal
fish
plant
fungi
archaea
bacteria
worm
Insects
protists
microbial eukaryotes
small eukaryotes
protozoa
vertebrate
tree
metazoa
lineage
invertebrate
evolution
bird
arthropod
algae
amphibia
現在、「生命の樹（tree of life）」の全体像を利用できるようになったが、研究、教育、科学コミュニケーションのニーズに応えるためには、それを可視化する手法が依然として求められている。数百万もの末端（種）を持つ樹を動的に可視化するには、データの…
Nucleic Acids Research
2023
orthologue
web tool
GO enrichment analysis
系統解析
plant
metazoa
fungi
bacteria
vertebrate
protists
docker
比較ゲノム研究の進歩により、種の進化や遺伝的多様性を研究することに関心が高まっている。この研究を促進するために、OrthoVenn3は、ユーザーが効率的にオルソログクラスターの同定とアノテーションを行い、さまざまな種にわたる系統関係を推論できる強力…
2019
Preprint
annotation
assembly
evaluation tool
ゲノム比較 (comparative genomics)
plant
bacteria
fungi
insect
metazoa
vertebrate
web tool
2020
BMC Genomics
2020 3/3 論文追記 過去数十年にわたって、Genlisea aureaの63 Mb [ref.1]からPinus taedaの22 Gb [ref.2]までのサイズの多数の植物ゲノムアセンブリが生成された。このようなプロジェクトから生成されたゲノムリソースは、改良された作物品種の開発に貢献し…
assembly
annotation
RNA seq
evaluation tool
2015
Bioinformatics
phylogenetic marker genes
plant
fungi
bacteria
microbial eukaryotes
metazoa
2018 1/9 version3のコマンドを最後に追記 2019 2/24 論文追記 2019 7/5 verrsion3向けに説明をアップデート 2019 11/24 論文追記 2019 12/26 v4インストール追記 2020 3/26 v4 追記 2020 6/15 構成を変更 2020 7/7 v4 のtrancrripts の説明が間違っていたの…
