macでインフォマティクス

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HTS (NGS) 関連のインフォマティクス情報についてまとめています。

folding

単一のタンパク質配列からタンパク質構造を予測する OmegaFold

最近のブレイクスルーで、深層学習を用いて複数配列アラインメント(MSA)の進化情報を利用し、タンパク質の構造を正確に予測することができるようになった。しかし、オーファンタンパク質や抗体のような進化の早いタンパク質のように、相同タンパク質のMSA…

変異がタンパク質に与える影響の解釈と可視化のためのウェブアプリケーション VIVID

大規模な比較ゲノム研究や集団遺伝学研究では、DNAバリアントという形で膨大な量の多型データが生成される。これらの研究の最終的な目的は、遺伝的変異を表現型やフィットネスに関連付けることである。VIVIDは、あらゆる生物・疾患の遺伝型から表現型までの…