macでインフォマティクス

macでインフォマティクス

HTS (NGS) 関連のインフォマティクス情報についてまとめています。

motif

連続した配列ブロックのクラスターを検出する FMSClusterFinder

本論文では、DNAやRNAの配列内部の連続した配列ブロックのクラスターを同定・検出するための新しいツールおよびアルゴリズムであるFMSClusterFinderについて説明する。遺伝子発現やゲノムグループの性能は、機能的要素がクラスターとして互いに協調して制御…

配列モチーフを探す STREME

配列モチーフ発見アルゴリズムは、DNA、RNA、タンパク質の配列中で生物学的機能を果たす新規な配列パターン、例えば、DNAやRNA結合タンパク質の結合部位モチーフを同定することができる。ここで紹介するSTREMEアルゴリズムは、精度と汎用性の両面で最先端のa…

初めてコマンドを使う人向けの解説:その1、指定した領域から配列を抽出する

2019 9/20追記 ゲノムのダウンロード この記事では、初めてコマンドで動作するツールを使う方向けにゲノムの指定した領域から配列を抽出する方法について説明します。コンピュータはmacを想定しています。普通はpython3やanacondaを入れ、condaのコマンドを…

膜貫通領域を予測する TMHMM

2019 12/18 インストール追記 2022/05/20 リンク更新 TMHMMは膜貫通領域を予測するツール。膜タンパク質であるかどうかの判定にも用いられる。 マニュアル 解凍したディレクトリにユーザーガイド(TMHMM2.0.html)あり。 TMHMM2.0 インストール 依存 perl an…

隠れマルコフモデル(HMM)のペアワイズアラインメントに基づいた高感度なタンパク質配列検索ツール HMMER

2019 6/25インストール追記, 12/17 タイトル修正 2020 7/12 help追加、タイトル修正, 7/14 helpとGitHubリンクを間違ったため差し替え, 8/11 ダウンロードリンクをカレントに修正 2022/04/07 インストール手順更新、06/24 論文引用、07/08 追記 2024/02/01 …

シグナルペプチド切断部位を予測する signalP

SignalPは、タンパク質のシグナル配列の切断部位を予測するツール。商用の解析ソフトCLCにも導入されている。 web server版とローカル版がある。 signalIP4.1 webサーバー http://www.cbs.dtu.dk/services/SignalP/ web server版は統合TVを参考にしてくださ…