Microbiome (Journal)
系統学的解析は、細菌の多様性と進化を研究する上で切っても切り離せないものとなっており、多くの異なる細菌のコア遺伝子が照合され、系統樹の再構築に用いられてきた。しかし、これらの遺伝子は、すべての細菌ゲノムにおけるその存在と単一コピー率に基づ…
Genome-resolved metagenomicsの正確で包括的な解析は、多様な微生物群からリファレンス品質（完全で高品質な）のゲノムを再構築することに大きく依存している。Nanoporeロングリードにより、ドラフトゲノムのギャップ解消が進んでいるが、ゲノム品質の向上…
2022/09/07 誤字修正、オプション追記, 10/17 インストール手順修正 2022/12/18 論文引用 2024/02/05 追記 分類学的プロファイリングは、生物試料中の微生物の相対的な存在量を検出・定量することを目的としたマイクロバイオーム研究の基本的なタスクである…
2021/8/17 論文引用 2022/02/17 krona追記 2022/02/24 krona関係のコマンド修正 2023/12/01 説明追加 ヒトの腸内細菌叢の特徴を明らかにするために、微生物の分離とDNA配列の決定の両方が行われてきた。また，最新のバイオインフォマティクスツールを用いて…
2024/03/23 論文引用、出力について説明 マイクロバイオーム科学の進歩は、メタゲノミクスやシングルセルゲノミクスを用いて混合微生物群集から再構築されたゲノムから、微生物の生態を研究・推論できるようになったことが大きな要因となっている。このよう…
ヒトの健康や病気の形成に腸内細菌叢が果たす複雑な役割は、培養に依存しない分子ベースのハイスループットシーケンシング技術が利用できるようになったこともあって、近年、精力的に調査・研究が行われている。ヒトのすべての宿主は、平均500～1000種の異な…
2023/07/13 追記 2024/05/20 dockerイメージ追記 病原性微生物は、宿主に侵入し、コロニー化し、損傷を与えることで病気を引き起こす。細菌毒素を含む病原性因子は病原性に寄与する。さらに、抗菌薬耐性遺伝子は、病原体が治癒力のある治療法を回避すること…
ウイルスは多くの生物圏や人間の生態系において重要な役割を果たしているが、普遍的な遺伝子マーカー、データベースの代表、および十分に高度な同定ツールがないため、ほとんどのシグナルはメタゲノム／メタトランスクリプトーム配列データセットでは「隠さ…
2020 7/26 更新完了 メタゲノミクスは、微生物とその生物学的、生物医学的、地球化学的プロセスへの関与の研究に革命をもたらしており、事前の培養を必要とせずに、膨大な数の生物を直接シーケンスして調査することが可能になっている。単細胞真核生物は、主…
細菌や古細菌に感染するウイルスは世界的に豊富であり、ほとんどの環境で宿主の数を上回っている [ref.1,2,3]。ウイルスは、感染時に宿主細胞の代謝状態を再プログラムすることができる義務的な細胞内病原性遺伝要素であり、多様な環境下で毎日20～40％の微…
2021 6/27 論文引用 メタゲノムシーケンスは、多くの新しい細菌ゲノムシーケンスの識別とアセンブリをもたらした。 これらのバクテリアはしばしばプラスミドを含んでおり、それはあまり研究も理解もされていない。 これらのプラスミドの研究を支援するために…
薬剤耐性（AMR）は、感染症を予防および治療する能力を損ない、世界的な公衆衛生の脅威になる[ref.1]。現在、抗生物質耐性による世界中の年間死亡者数は、2050年までに1,000万人を超えると推定されている[ref.2]。これに対応して、多くの国内および国際機関…
2019 6/26 誤字修正 メタゲノミックショットガンシークエンシングは、関心のある微生物混合群からDNAを抽出し、無作為に抽出されたDNAをディープシーケンシングする。これは、特定の標的遺伝子領域が増幅およびシーケンシングされるマーカー遺伝子シーケンシ…
2019 6/15 誤字修正 ウイルスは、それらの恒常性および進化に寄与する微生物群集の必須の構成要素である。ヒトの腸内細菌叢のウイルス群集はバクテリオファージが支配的である[ref.1]。ファージは遺伝子水平伝播（HGT）[ref.2]によって細菌群集の構造と機能…
2019 7/5 dockerタグ修正 2019 9/25 インストール追記 2022/09/09 追記 抗生物質耐性は緊急かつ高まる世界的な公衆衛生の脅威である。抗生物質耐性による死亡者数は、2050年までに年間1000万人を超え、世界中で約100兆米ドルかかると推定されている[ref.1-3]…
2019 5/20 関連ツール追記 2022/06/02 インストール追記 抗生物質耐性菌による感染は世界的に増加しており、公衆衛生に大きな脅威をもたらしている[ref.1]。抗生物質耐性は細菌種の固有の特性である場合があるが、その臨床的意味において、それは既存の染色…
非培養微生物のゲノム再構築（ビニング）は、微生物群集DNA（メタゲノムDNA）の包括的なシーケンシングおよび新規の計算手法により最近になって実現可能になった［ref. 1-3］。再構成されたゲノムビンは、以前には特徴付けられていなかった微生物群の生化学…
現在、環境サンプルをcharacterizeすることを目指して、ますます多くのメタゲノム分析ツールが利用可能になっている[論文より ref.1,2,3,4]。Whole metagenome shotgun （WMS）シーケンシングテクニックから生成される大量のデータにより動機づけられたメタ…
2019 7/5文章修正 VizBinはメタゲノムデータをレファレンスに依存せずにbinnigする手法。テトラヌクレオタイド頻度情報を使いアセンブルデータを分類する。最終的に２次元のPCAプロットとしてビジュアル化してくれる。どこからどこまでを１つの生物として抽…
