タイトルの通りの内容。kraken2の公式サイトにはGTDBのR220バージョンのデータベースが用意されていて､kraken2の菌叢解析にGTDB DBのデータベースを利用できるようになった｡しかし､20205年6月時点で最新のR226はまだ用意されていない => 追記: 6月9日に公開…

分子データベースは実験生物学者にとっても計算生物学者にとっても不可欠なリソースである。高品質なゲノムアセンブリの急速な増加により、脊椎動物の多様なグループにわたる系統特異的適応に関連する二次的な遺伝子消失事象について記述した出版物が急増し…

過去30年の間に、MEGA（Molecular Evolutionary Genetics Analysis：分子進化遺伝学解析）ソフトウェアは、拡張し続ける機能群を備えた強力なツールへと進化してきた。しかし、ユーザーフレンドリーな設計で研究者や学生に広く採用されているにもかかわらず…

進化研究においては、生命のあらゆる領域にわたるゲノム情報の広範な調査が必要である。GenBankを通じて多数のゲノムが利用可能であるにもかかわらず、ゲノム情報の効果的な可視化や比較は、そのサイズなど多くの理由から困難である。ゲノムファイルを解析す…

ドットプロットは線形比較と並んでゲノム比較における基本的な可視化手法であり、構造変異、反復領域、配列の類似性の解析に広く用いられている。しかし、既存のツールは可視化の柔軟性に限界があることが多く、特に複数の配列を1つの連続した軸に連結する必…

2025/06/07 追記 メタゲノムアセンブリゲノム（MAG）の数は、メタゲノム研究の規模拡大に伴い急速に増加しており、微生物叢研究の急速な進展を牽引している。計算効率と株レベルの解像度の観点から、サンプルごとのアセンブリが標準的な手法となっている。こ…

植物抵抗性遺伝子は、様々な病気や害虫に対する植物の防御システムにおいて極めて重要である。これらの植物特異的遺伝子は、植物に侵入する病原体に関連する特定の分子パターンを識別するタンパク質をコードしている。これらの抵抗性遺伝子が活性化されると…

ウイルスゲノムのシークエンシングと解析は、ウイルスの多様性と進化を理解する上で極めて重要である。従来のサンガーシークエンシングはシークエンスデプスが低く、労力を要するという制約があった。イルミナなどの次世代シーケンシング（NGS）法はシークエ…

臨床サンプルのメタゲノムシークエンシングは、バイオサーベイランスにおける病原体の直接的な検出と特性解析に有望な手法である。菌株レベルでの分類学的解析は、バイオサーベイランスにおいて病原体の血清型を決定するために使用できる。Sigmaは、メタゲノ…