macでインフォマティクス

macでインフォマティクス

HTS (NGS) 関連のインフォマティクス情報についてまとめています。

biom

マイクロバイオームデータの統計的・機能的・統合解析を行う MicrobiomeAnalyst 2.0

マイクロバイオーム研究は、多様性プロファイリング、機能特性解析、トランスレーショナルアプリケーションなど、多様な目的を持つ生物医学、農業、環境科学において日常的に行われるようになってきた。その結果、複雑で、しばしばマルチオミックスデータセ…

MetaPhlAnなどの出力からGraPhlAn用のアノテーションファイルとツリーファイルを作成する Export2graphlan

export2graphlanは、GraPhlAn用の注釈ファイルとツリーファイルの両方を作成するための変換ソフトウェアツールである。特に、アノテーションファイルでは、どのノードが重要であるかを入力ファイルから自動的に導き出し、特定のサブツリーを強調しようとする…

インタラクティブなマイクロバイオーム分析と可視化のためのR shinyアプリケーション animalcules

ヒトの健康や病気の形成に腸内細菌叢が果たす複雑な役割は、培養に依存しない分子ベースのハイスループットシーケンシング技術が利用できるようになったこともあって、近年、精力的に調査・研究が行われている。ヒトのすべての宿主は、平均500~1000種の異な…