biom
2023
Nucleic Acids Research
format conversion
metagenome
gene set enrichment analysis
ASV (amplicon sequence variant)
web tool
biom
statistical analysis
マイクロバイオーム研究は、多様性プロファイリング、機能特性解析、トランスレーショナルアプリケーションなど、多様な目的を持つ生物医学、農業、環境科学において日常的に行われるようになってきた。その結果、複雑で、しばしばマルチオミックスデータセ…
export2graphlanは、GraPhlAn用の注釈ファイルとツリーファイルの両方を作成するための変換ソフトウェアツールである。特に、アノテーションファイルでは、どのノードが重要であるかを入力ファイルから自動的に導き出し、特定のサブツリーを強調しようとする…
2021
Microbiome (Journal)
shiny
abundance estimation in metagenomics data
metatranscriptome
metagenome
amplicon sequence
相関分析
結果の視覚化 (visualization)
回帰分析
クラスター分析
BIOM
ASV (amplicon sequence variant)
UMAP
t-SNE
biomarker
OTU
ヒトの健康や病気の形成に腸内細菌叢が果たす複雑な役割は、培養に依存しない分子ベースのハイスループットシーケンシング技術が利用できるようになったこともあって、近年、精力的に調査・研究が行われている。ヒトのすべての宿主は、平均500~1000種の異な…