Journal of Open Source Software
過去10年間で、公開されている細菌ゲノムの数は劇的に増加した。ゲノムはシークエンスされ、一般に共有され、その後、系統的な関連性が分析される。疫学的に関心のある2つのゲノムが関連していることがわかれば、さらなる調査が促されるかもしれない。しかし…
DNA シーケンシングのプラットフォームは、DNA サンプル中のヌクレオチド（A、C、G、T）の配列を測定することを目的としている。Illumina社のシーケンサーは、過去10年間の大半を占めてきた技術だが、これらのプラットフォームでは、比較的小さい（～100～30…
2020 3/8 コメント削除、タイトル修正 公共データベースで利用可能な微生物ゲノムの数は増え続けており、多くのin-silico分析、例えば 一塩基多型の検出、scaffolding、比較ゲノミクス、に必要なリファレンスゲノムの最適な選択がますます困難になってきてい…
ショートリードRNAシーケンシング（RNA-seq）は、特に遺伝子発現の調査、ゲノムアノテーションの実行、SNVの検出、またはオルタナティブスプライシングされた転写物の確認を可能にする強力なアプローチである。シーケンスリードには、使用するRNA-seqライブ…
2019 12/13 タイトル修正 急速にコストが下がる中、Pacific Biosciences（PacBio）およびOxford Nanopore Technologies（ONT）のロングリードDNAシークエンシング技術がアウトブレイク調査に使用され始めている（Faria et al、2017; J. Quick et al、2005 20…
