キュレーションされたBUSCOセット（CUSCOs）を使ってCompleasm によるアノテーション精度を向上させる phyca

ユニバーサルシングルコピーオルソログは、ゲノムの最も保存された構成要素である。これらは進化の歴史の研究や新しいアセンブリの評価に日常的に使用されているが、現在の方法は利用可能なゲノムデータからの情報を組み込んでいない。本研究ではまず、進化…

2025-05-04

複数のゲノムアセンブリにおけるBUSCO解析結果を比較し、アセンブリの完全性を一貫性のある方法で評価する BUSCOMP

2022 Molecular Ecology Resources BUSCO evaluation tool assembly

レポジトリより BUSCOMPはBUSCOの非決定論的限界を克服するために設計されている。アセンブリから完全なBUSCOの冗長でない最大集合をコンパイルし、この集合を用いて同じゲノムの異なるアセンブリ間の完全性の "真の "比較を予測可能な挙動で提供する。各BUS…

2023-06-10

miniprotを使うことでゲノムからのBUSCO評価の精度と速度を改善したcompleasm

2023 Preprint BUSCO 高速なツール protein-to-genome alignment annotation Bioinformatics pseudogene

2023/07/01 名前をminiBUSCOからcompleasmに差し替え 2023/09/29 論文引用 2025/3/26 SNS 追記ゲノムアセンブリの完全性評価は、ゲノムデータの正確性と信頼性を評価する上で重要である。不完全なアセンブリは、遺伝子予測、アノテーション、その他のダウン…

2023-05-23

ゲノムアセンブリを評価する WebQUAST

2023 Nucleic Acids Research assembly evaluation tool web tool misassembly BUSCO

ゲノミクス研究において、適切なゲノムアセンブリを選択することは、ダウンストリーム解析の鍵となる。しかし、多くのゲノムアセンブリツールが存在し、その実行パラメータは非常に多様であるため、このタスクは困難である。また、既存のオンライン評価ツー…

2021-08-14

BUSCO v5

2021 Molecular Biology and Evolution phylogenetic marker genes orthologue contamination evaluation tool de novo transcriptome eukaryotic genome annotation duplicate removal in primary genome assemblies BUSCO

2021 8/14 誤字修正 2021 11/29 誤字修正 2022/06/08 インストールのバージョン更新, 7/3 追記, 7/20 追記 2024/03/07 追記, 3/16 BUSCOv5.7.0について追記、06/10 誤字修正 2025/02/14 3.8.2に変更, 8/13 誤字修正ゲノムデータやメタゲノムデータの品質を…