Smith-Waterman / Needleman–Wunsch
MOSAIKは、第2世代および第3世代のシーケンシング リードをリファレンスゲノムにマッピングするための安定した高感度のオープンソース プログラムである。現在のマッピングツールの中でも特に優れているMOSAIKは、Illumina、Applied Biosystems SOLiD、Roche…
今回は、１回目で説明できなかった機能について説明する。 一旦入力した配列は直接編集できないようになっている。編集するには左端のeditボタンをクリックする。 選択した配列を消したり、追加できるようになっている。 編集が終わったらもう一度editボタン…
2019 5/30 インストール追記 InDelFixerは454、Illumina、およびPacBioデータ用の高感度なアライナーである。完全なSmith-Watermanアライメントを採用している。事前の高速k-merマッチングによって次世代シーケンス（NGS）および第3世代のリードを一連のリフ…
インストール mac os10.14の miniconda2-4.3.14環境でテストした。 本体 Github #Anaconda環境でcondaを使い導入conda install -c bioconda swalign > swalign $ swalign Simple Smith-Waterman aligner Usage: swalign {options} ref query Reference and q…
タンパク質データベースの検索は、バイオインフォマティクスなどのライフサイエンス分野で非常に重要な課題となっている。データベースサイズの指数関数的増加と共に分析される新しいデータの量がますます大きくなってきているため、既存のツールを使用した…
ハイスループットシーケンサーの最新世代は、前例のないスケールでデータを生成し、関連するシーケンシングコストが連続的に減少している。特に、トランスクリプトームの包括的なプロファイルを提供するRNAシーケンシング（RNA-seq）技術（論文より ref.1）…
