macでインフォマティクス

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HTS (NGS) 関連のインフォマティクス情報についてまとめています。

MGE

病原性細菌の抗生物質耐性関連可動遺伝因子を検出する VRprofile2

VRprofile2は、細菌ゲノム配列中の多様な mobile genetic elementsを高速に同定するパイプラインを更新したものである。前バージョンと比較して、3つの大きな改善がなされた。まず、モザイク構造を持つ多剤耐性領域において、抗生物質耐性遺伝子カセットと様…