macでインフォマティクス

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HTS (NGS) 関連のインフォマティクス情報についてまとめています。

phenotype

タンパク質やヌクレオチド配列からレジストームを予測する RGI

2022/06/04 追記 2019年春、CARDのRGIソフトウェアバージョン5がリリースされた。これは、CARDの統合情報を使用して、CARDのウェブサイトまたはコマンドラインツールとして、ゲノムおよびメタゲノムデータのレジストムを予測するものである。RGIは、Prodigal…

バクテリアの表現型をゲノムから予測する Traitar

配列決定されたゲノムの数は飛躍的に増加しており、データの生成からゲノムの解釈に至るまでのボトルネックが大きく変化している。形質は、細菌を特徴づけたり区別したりするためによく用いられ、微生物群集組成の原動力となっていると考えられるが、ほとん…

機能的エンリッチメント解析のためのウェブツール WebGestalt

WebGestaltは、大規模な-オミクス研究から得られた遺伝子リストを解釈するための人気のツールである。2019年のアップデートでは、WebGestaltは12の生物、342の遺伝子識別子、155 175の機能カテゴリをサポートしており、ユーザーがアップロードした機能データ…

注釈付きで検索可能な微生物のインベントリ The Microbe Directory

次世代シークエンシング技術の出現により、ここ10年で、ヒトのマイクロバイオームから環境(水や土壌)、都市の表面に至るまで、メタゲノムやマイクロバイオーム研究が急増している。これらの研究はすべて、発見された配列をサンプルに見られる分類学的プロ…

データベースのゲノム情報とAMR耐性/感受性情報から細菌のAMR表現型を予測する VAMPr

2020 3/37 タイトル修正 Antimicrobial resistance(AMR)は、公衆衛生に対する脅威の増加である。 AMRを決定する現在の方法は、非効率的な表現型アプローチに依存しており、多くの病原体と抗菌薬の組み合わせのAMRメカニズムの理解が不完全なままとなってい…

Genome properties (GP)

現代のDNAシーケンシング技術は、単離した生物のみならず、生物のコレクション(メタゲノミクス)のDNA配列を決定する能力に革命をもたらした。一握りの特徴づけられた配列から新規ゲノムにコードされた遺伝子への自動アノテーションは、特に原核生物ゲノムで…

タイプ株を中心にバクテリアの表現型情報をまとめたデータベース BacDive

2020 10/16 タイトル変更、誤字修正 2021 10/7 画像一部更新 原核生物は、研究開発との関連性が高い多種多様な表現型形質を発現する。バクテリアのメタデータのホットスポットとしてよく利用できるのは、最初の(一次)文献で報告された種の説明と、生物資源…

種の形質をコレクションするデータベース Traitpedia

種はそれらの遺伝子型および表現型によって一義的に定義することができる。この遺伝子型および表現型は非常に密接に絡み合っており、追加の環境コンポーネントがこの関係の広い理解を複雑にしている。表現型、または形質は、生物の遺伝情報にある程度依存し…

50近いバクテリアの1万以上の機能未知遺伝子欠損の影響をまとめた Fitness Browser

注意: タイトルには 機能未知遺伝子だけ相手にしたように書いてますが、実験はゲノム全体の遺伝子をターゲットにランダムかつ網羅的に行われており、mutant phenotypeの影響を調べた遺伝子数自体は1万よりずっと多くなります。実験結果をまとめたFitness Br…