macでインフォマティクス

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HTS (NGS) 関連のインフォマティクス情報についてまとめています。

Binning (metagenomics)

メタゲノムアセンブリゲノムの品質を評価するパイプライン MAGqual

微生物群集の全ゲノム配列を決定するメタゲノミクスは、複雑な生態系に対する洞察を提供してきた。新規微生物の発見を容易にし、群集の相互作用を説明し、様々な分野で応用されている。ハイスループットと第3世代シーケンシング技術の進歩は、その普及にさら…

マルチサンプルビニングのための高速な近似カバレッジ計算法 fairy

メタゲノムのビニングは、同じゲノムに属するコンティグをクラスタリングすることであり、メタゲノムアセンブリゲノム(MAG)を復元するための重要なステップである。コンティグは、ゲノム全体で一貫したリードカバレッジパターンを利用することで連結される…

メタゲノムアセンブリの高精度なbin refinementツール Binette

2024/04/24 誤字修正 メタゲノム解析は、ショットガンシーケンスによる微生物群集とその個々のメンバーの研究を可能にする。メタゲノム解析に不可欠な段階は、メタゲノムアセンブリゲノム(MAG)の回収である。メタゲノム解析では、シーケンスリードをコンテ…

メタゲノムのリードの発生からbinningまで自動でシミュレーションする MAGICIAN

シーケンスリードからメタゲノムアセンブリゲノム(MAGs)を回収することで、微生物群集とその構成員に関するさらなる洞察が可能になり、場合によっては単一分離ゲノム用に設計されたツールでそのような配列を解析することもできる。結果の質は配列の質に依…

表現学習に基づくビニング法 COMEBin

コンティグビニングは、メタゲノムデータ解析において、同一または近縁ゲノムからのコンティグをグループ化することで重要な役割を果たしている。しかし、既存のビニング手法は、データの種類が多様であることや、異種情報を効率的に統合することが困難であ…

SemiBin2

2023/07/10 誤字修正 2024/04/19 チュートリアルリンク追記 環境試料からメタゲノムアセンブリゲノム(MAG)を再構成するメタゲノムビニング法は、大規模なメタゲノム研究において広く用いられている。最近提案された半教師ビニング法SemiBinは、いくつかの…

アセンブリグラフとペアエンドグラフを統合したマルチビューグラフベースのビニングアルゴリズム METAMVGL

微生物群集は複雑であるため、次世代シーケンサーデータを用いたde novoアセンブリでは、完全な微生物ゲノムを作成することができないのが一般的である。メタゲノム解析のビニングは、コンティグの塩基組成とリードデプスに基づき、断片化したコンティグをク…

複雑な微生物群集から個々のゲノムを回収するアンサンブルビニング法 MetaBinner

ビニングは、メタゲノムデータから微生物ゲノムを復元することを目的としている。複雑なメタゲノムコミュニティに対して、利用可能なビニング手法は満足できるものではなく、通常、異なる種類の特徴や重要な生物学的知識を十分に利用できていない。本著者ら…

教師なしクラスタリングによりロングリードのホストとコンタミ配列を分離するリファレンスフリー法 Symbiont-Screener

2023/03/10 追記 メタゲノムシークエンシングは、培養を必要としない複雑な微生物コミュニティの大規模な構成の解析と機能的特徴付けを容易にする。最近のロングリードシーケンス技術の進歩は、長距離情報を利用して、repeat-awareなメタゲノムアセンブリパ…

ロングリード配列やコンティグ配列をビニングする LRBinner

メタゲノム解析の進歩により、環境から直接微生物群集を研究することが可能になった。メタゲノム解析は、微生物群集の種を特定するための重要なステップである。次世代シーケンサーのリードは、ショートリードの情報が限られているため、通常コンティグにア…

STRONG

複数のメタゲノムサンプルからde novoで株を同定するSTrain Resolution ON assembly Graphs (STRONG)を紹介する。STRONGはメタゲノムアセンブリゲノム(MAG)に対してコアアセンブリとビニングを行い、バリアント簡略化の前にコアアセンブリグラフを保存する。…

メタゲノム探索とビニングのためのインタラクティブなプラットフォーム BinaRena

メタゲノム解析でコンティグを探索し、ビニングすることは、微生物群集の機能的、進化的なギルドを明らかにするために不可欠である。しかし、自動化されたビニングがあるにもかかわらず、研究者はしばしば、代表的な結果を得るために人間の関与が必要である…

メタゲノム解析のための自動化されたワークフロー MAGNETO

2022/06/17 誤字修正 メタゲノム-アセンブルゲノム(MAG)は、メタゲノムデータから回収された個々のゲノムを表す。MAGは、未培養微生物のゲノム多様性の解析や、自然環境における機能・代謝の可能性を明らかにするために非常に有用である。近年の計算機開発…

メタゲノム解析を行う BusyBee Webのアップデート

近年、分類学的プロファイリングツールの方法論やリファレンスデータベースの改良が進んでいるが、メタゲノム解析ワークフローにおいては、メタゲノムアセンブリとゲノムビニングが依然として重要な柱である。リファレンス情報がない場合、ゲノムビニングはm…

複雑なメタゲノムデータセットから高品質なゲノムを回収するビニングアルゴリズム binny

2022/10/15 論文引用 ゲノムの再構築は、ゲノム-resolved メタゲノム解析や微生物群集からのマルチオミクスデータ統合において重要なステップである。本発表では、連続したゲノムと高度に断片化したゲノムの両方から高品質のメタゲノムアセンブリゲノムを生…

遺伝子構造に基づいてメタゲノム中の真核生物と原核生物のコンティグを区別する Whokaryote

2022/05/04 追記 メタゲノミクスは、微生物群集に含まれるすべての生物の機能的可能性を研究するための著名な技術となっている。しかし、ほとんどの研究では、真核微生物を無視して、微生物群集に含まれるバクテリアに焦点を当てている。実際、多くのメタゲ…

MetaProb 2

現在の技術では、事前に培養することなく、環境から直接微生物群集の配列を決定することができる。微生物サンプルを解析する際の大きな問題の一つは、そのサンプルに含まれる種を特定するために、リードを分類学的にアノテーションすることである。分類学的…

コンポジション、カバレッジ、アセンブリグラフによるメタゲノムビニングを行う MetaCoAG

2021 10/8 追記 メタゲノムビニングにより、様々な種の様々な遺伝物質を研究し、特性を明らかにし、微生物群集についての洞察を得ることができるようになった。既存のビニングツールはメタゲノミクスのde novoアセンブリをビニングするが、アセンブリグラフ…

深層学習に基づく真核生物配列の分類ツール Tiara

多くのメタゲノムデータが利用可能になるにつれ、真核生物のメタゲノム解析が新たな課題として浮上してきた。真核生物の核およびオルガネラのゲノムを適切に分類することは、真核生物の多様性をより深く理解するために不可欠なステップである。 メタゲノムデ…

リファレンスゲノム情報を半教師あり深層学習で取り込むことで、より優れたビニングを実現する SemiBin

2022/02/09 ツイート追記 2022/02/27 追記 2022/03/01 help更新 メタゲノムビニングとは、メタゲノムアセンブルゲノム(MAG)を構築する際に、同一ゲノムに由来すると予測される配列を自動的にグループ化するステップである。最も広く利用されているビニング…

メタゲノムアセンブリのbin配列を評価する metashot/prok-quality

メタゲノムシークエンスにより、大規模なゲノムの同定とゲノムの特性解析が可能になる。Binningとは、未知の細菌や古細菌の配列断片(メタゲノムコンティグ)の複雑な混合物からゲノムを回収するプロセスである。メタゲノムから回収したゲノムの品質を評価す…

メタゲノムのハイブリッドアセンブリとビニングのためのベスト・プラクティス・パイプライン nf-core/mag

2023/03/02 論文引用 ショットガンメタゲノムデータを解析することで、微生物群集に関する貴重な知見が得られると同時に、個々のゲノムレベルでの解決が可能となる。しかし、完全なリファレンスゲノムが存在しない場合、シークエンスリードからメタゲノムア…

Scaffold情報を用いてメタゲノムビンの連続性と質の向上を行う Binnacle

ハイスループットシーケンシングは微生物学の分野に革命をもたらしたが、メタゲノムショットガンシーケンシングデータから生物の完全なゲノムを再構築することは依然として困難である。回収されたゲノムは、生物の存在量の不均一性、ゲノム内およびゲノム間…

ビニングして得たfastaのファイル名とヘッダ名を一括リネームする

2022/03/06 duplicated IDの配列の修正にseqkit renameを使うように修正 2023/08/10追記 mm2-fastについて紹介しましたが、上手く導入できなかったたため一旦非公開にしました。失礼しました。代わりに簡単な記事を書きます。 メタゲノムのビニングが終わっ…

ウィルスメタゲノムのビニングのための効率的な深層学習ツール CoCoNet

メタゲノム解析は、微生物群集の特徴を明らかにし、マイクロバイオームと生物学的プロセスの複雑な関連性を解明する可能性を秘めている。アセンブリは、メタゲノミクス実験において最も重要なステップの1つである。アセンブリとは、重複するDNAシーケンスリ…

(メタゲノム) ロングリードのビニングツール MetaBCC-LR

メタゲノム研究は、さまざまな環境下で見られる微生物群集の構成と構造に関する重要な知見を提供している。メタゲノムデータを解析するための技術のうち、ビニングは、存在するさまざまな微生物の種を特徴づけるための重要なステップと考えられている。しか…

ハイパフォーマンスなビニングツール BASALT

2021 3/8 追記 メタゲノムビニングは、微生物の詳細な特性評価を可能にする。本研究では、メタゲノムビニングの分解能と効率を向上させるために、BASALT(Binning Across a Series of AssembLies Toolkit)と呼ばれる新しいビニングツールキットを開発した。…

ディープラーニングを用いた微生物ゲノムのビニングツール Vamb

2021 7/27 論文追記 2022/02/19 インストール手順修正 メタゲノミクスワイドゲノム配列データからの微生物種の同定と再構築は、重要かつ挑戦的な課題である。現在の既存のアプローチは、複数のサンプルにわたる遺伝子またはコンティグの共分散情報と、配列中…

アセンブリグラフを用いたメタゲノムコンティグのビニングを行う GraphBin2

メタゲノムシークエンシングは、微生物群集の構造、多様性、生態を純粋な培養物を得ることなく研究することを可能にする。多くのメタゲノム研究では、メタゲノムシークエンシングから得られたリードは、最初に長いコンティグにアセンブリされ、これらのコン…

ハイブリッドアセンブリとビニング及び下流解析を行う自動化されたパイプライン MUFFIN

2021 2/5,2/6 出力例追記 2021 2/11 論文引用 メタゲノミクスは微生物学の多くの分野を再定義した。しかし、メタゲノムアセンブルゲノム(MAG)は、主にショートリードでシーケンスが行われた場合、断片化されていることが多い。最近のロングリードシーケン…