macでインフォマティクス

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HTS (NGS) 関連のインフォマティクス情報についてまとめています。

Binning (metagenomics)

複雑なメタゲノムデータセットから高品質なゲノムを回収するビニングアルゴリズム binny

ゲノムの再構築は、ゲノム-resolved メタゲノム解析や微生物群集からのマルチオミクスデータ統合において重要なステップである。本発表では、連続したゲノムと高度に断片化したゲノムの両方から高品質のメタゲノムアセンブリゲノムを生成するビニングツール…

遺伝子構造に基づいてメタゲノム中の真核生物と原核生物のコンティグを区別する Whokaryote

2022/05/04 追記 メタゲノミクスは、微生物群集に含まれるすべての生物の機能的可能性を研究するための著名な技術となっている。しかし、ほとんどの研究では、真核微生物を無視して、微生物群集に含まれるバクテリアに焦点を当てている。実際、多くのメタゲ…

MetaProb 2

現在の技術では、事前に培養することなく、環境から直接微生物群集の配列を決定することができる。微生物サンプルを解析する際の大きな問題の一つは、そのサンプルに含まれる種を特定するために、リードを分類学的にアノテーションすることである。分類学的…

コンポジション、カバレッジ、アセンブリグラフによるメタゲノムビニングを行う MetaCoAG

2021 10/8 追記 メタゲノムビニングにより、様々な種の様々な遺伝物質を研究し、特性を明らかにし、微生物群集についての洞察を得ることができるようになった。既存のビニングツールはメタゲノミクスのde novoアセンブリをビニングするが、アセンブリグラフ…

深層学習に基づく真核生物配列の分類ツール Tiara

多くのメタゲノムデータが利用可能になるにつれ、真核生物のメタゲノム解析が新たな課題として浮上してきた。真核生物の核およびオルガネラのゲノムを適切に分類することは、真核生物の多様性をより深く理解するために不可欠なステップである。 メタゲノムデ…

リファレンスゲノム情報を半教師あり深層学習で取り込むことで、より優れたビニングを実現する SemiBin

2022/02/09 ツイート追記 2022/02/27 追記 2022/03/01 help更新 メタゲノムビニングとは、メタゲノムアセンブルゲノム(MAG)を構築する際に、同一ゲノムに由来すると予測される配列を自動的にグループ化するステップである。最も広く利用されているビニング…

メタゲノムアセンブリのbin配列を評価する metashot/prok-quality

メタゲノムシークエンスにより、大規模なゲノムの同定とゲノムの特性解析が可能になる。Binningとは、未知の細菌や古細菌の配列断片(メタゲノムコンティグ)の複雑な混合物からゲノムを回収するプロセスである。メタゲノムから回収したゲノムの品質を評価す…

メタゲノムのハイブリッドアセンブリとビニングのためのベスト・プラクティス・パイプライン nf-core/mag

ショットガンメタゲノムデータを解析することで、微生物群集に関する貴重な知見が得られると同時に、個々のゲノムレベルでの解決が可能となる。しかし、完全なリファレンスゲノムが存在しない場合、シークエンスリードからメタゲノムアセンブルゲノム(MAG)…

Scaffold情報を用いてメタゲノムビンの連続性と質の向上を行う Binnacle

ハイスループットシーケンシングは微生物学の分野に革命をもたらしたが、メタゲノムショットガンシーケンシングデータから生物の完全なゲノムを再構築することは依然として困難である。回収されたゲノムは、生物の存在量の不均一性、ゲノム内およびゲノム間…

ビニングして得たfastaのファイル名とヘッダ名を一括リネームする

2022/03/06 duplicated IDの配列の修正にseqkit renameを使うように修正 mm2-fastについて紹介しましたが、上手く導入できなかったたため一旦非公開にしました。失礼しました。代わりに簡単な記事を書きます。 メタゲノムのビニングが終わってbin配列を手に…

ウィルスメタゲノムのビニングのための効率的な深層学習ツール CoCoNet

メタゲノム解析は、微生物群集の特徴を明らかにし、マイクロバイオームと生物学的プロセスの複雑な関連性を解明する可能性を秘めている。アセンブリは、メタゲノミクス実験において最も重要なステップの1つである。アセンブリとは、重複するDNAシーケンスリ…

(メタゲノム) ロングリードのビニングツール MetaBCC-LR

メタゲノム研究は、さまざまな環境下で見られる微生物群集の構成と構造に関する重要な知見を提供している。メタゲノムデータを解析するための技術のうち、ビニングは、存在するさまざまな微生物の種を特徴づけるための重要なステップと考えられている。しか…

ハイパフォーマンスなビニングツール BASALT

2021 3/8 追記 メタゲノムビニングは、微生物の詳細な特性評価を可能にする。本研究では、メタゲノムビニングの分解能と効率を向上させるために、BASALT(Binning Across a Series of AssembLies Toolkit)と呼ばれる新しいビニングツールキットを開発した。…

ディープラーニングを用いた微生物ゲノムのビンニングツール Vamb

2021 7/27 論文追記 2022/02/19 インストール手順修正 メタゲノミクスワイドゲノム配列データからの微生物種の同定と再構築は、重要かつ挑戦的な課題である。現在の既存のアプローチは、複数のサンプルにわたる遺伝子またはコンティグの共分散情報と、配列中…

アセンブリグラフを用いたメタゲノムコンティグのビニングを行う GraphBin2

メタゲノムシークエンシングは、微生物群集の構造、多様性、生態を純粋な培養物を得ることなく研究することを可能にする。多くのメタゲノム研究では、メタゲノムシークエンシングから得られたリードは、最初に長いコンティグにアセンブリされ、これらのコン…

ハイブリッドアセンブリとビニング及び下流解析を行う自動化されたパイプライン MUFFIN

2021 2/5,2/6 出力例追記 2021 2/11 論文引用 メタゲノミクスは微生物学の多くの分野を再定義した。しかし、メタゲノムアセンブルゲノム(MAG)は、主にショートリードでシーケンスが行われた場合、断片化されていることが多い。最近のロングリードシーケン…

原核生物のゲノムアセンブリでキメラや汚染を調べる GUNC

2021 1/18 解析例追加 2021 6/15 論文引用 ゲノムは原核生物の系統の遺伝的青写真であり、現在進行中の微生物世界のセンサスの中心にある微生物学の基本単位であり、微生物の生態と進化の研究に不可欠なものである。1995年に細菌の完全なゲノムが初めて公開…

リファレンスフリーでメタゲノムロングリードのビニングを行う MetaBCC-LR

メタゲノミクスは、微生物の遺伝物質を自然環境から直接研究するものである(Chen and Pachter, 2005)。次世代シーケンシング(NGS)技術により、ヒトマイクロバイオームプロジェクト(The Human Microbiome Project Consortium, 2012)のような大規模な研…

アセンブリグラフからメタゲノムのビニングを行う GraphBin

メタゲノミクスの分野では、微生物群集の構造、多様性、生態についての貴重な知見が得られている。メタゲノム解析の重要なステップの1つは、長いコンティグにリードをアセンブリし、メタゲノムサンプル中に存在する異なる種に属するコンティグのグループにビ…

ビニングツール MetaBMF

2021 7/14 インストール手順追記 メタゲノミクスは、ヒトの消化管などの生態系における微生物ゲノムを研究する。次世代シーケンシング技術を用いてシーケンスされた、異なる微生物種間の新規微生物種の同定およびそれらの分布変動の定量化は、ほとんどのメタ…

anvi'oを使ってメタゲノム解析を行う

2020 4/22 追記 2020 5/20 コード修正 ハイスループットシーケンシングとオミックス技術の進歩は、自然界に存在する微生物群集の研究に革命をもたらしている。微生物のライフスタイルを包括的に調査するためには、遺伝情報を対話的に整理して可視化し、複雑…

包括的なメタゲノム解析パイプライン MAGO

微生物種はさまざまな環境で重要な役割を果たしているが、メタゲノムデータセットからの高品質のゲノムの生成は、その生態学的および進化のダイナミクスを理解する上で大きな障害となっている。 Metagenome-Assembled Genomes Orchestra(MAGO)は、複数のマ…

SolidBin

微生物群集は多数の微生物のmixtureからなる。メタゲノミクス研究では、遺伝物質は微生物群集から直接抽出され、ハイスループットシークエンシング技術を使用してシークエンスされ、異なるリード長の大量のシークエンスリードが得られる。 通常、メタゲノム…

包括的なメタゲノム解析パイプライン ATLAS

2019 10/26関連ツール追加、10/26 インストール手順修正、10/29 同上、10/29 コメント追加 2020 6/28 論文とツイート追記、実行手順は確認中、2/7, 4/27, 4/29 インストール手順とラン手順追記 2021 5/1 dockerインストール追記、5/12 バグ修正手順追記(非…

Metagenomic contigsの分析と可視化のための自動化されたパイプライン MetaErg

2019/10/24 MetaCycの結果追記 2021 1/27 誤字修正 ゲノムアノテーションは、文字通り、アセンブリされたDNA分子の特徴の注釈である。そのような特徴は、そもそも、タンパク質をコードする遺伝子[「オープンリーディングフレーム」(ORF)]およびリボソーム…

メタゲノムのビニングを行う MetaBAT2

2020 4/4 追記 2021 5/30 help更新 微生物の分離と培養に基づく微生物群集の研究は、高スループットの全ゲノムショットガンシーケンスベースのメタゲノムに徐々に置き換えられている(Van Dijk et al、2014; Tringe&Rubin、2005でレビュー)。計算メタゲノ…

viral quasispeciesのクラスタリング(binning)ツール VirBin

ウイルス集団内の高い遺伝的多様性が、HIV、HCVなどのRNAウイルスによる慢性感染症の患者において観察されている(Sullivan et al、2007; PerrinおよびTelenti、1998)。遺伝的多様性は、異なる株の多重感染、または宿主内でのウイルス複製中の変異によって…

シングルの配列やメタゲノムのbinned.fastaのtaxonomic classificationを行う BASTA

2019 7/13 説明修正 2019 8/1 説明追記 2020 1/21 インストール手順修正 2020 2/4 データベースダウンロード手順修正 2020 4/17 コマンド修正 2020 4/19 binned fastaを使う手順追記 DNAシーケンシング、例えばアンプリコン、メタゲノムおよび全ゲノムシーケ…

メタゲノムのビニングを行う COCACOLA

アセンブリはコンティグを生成するが、それ以上の分類学的なプロファイリングや機能解析のためには、OTUに分類することが重要である。このOTUクラスタリングはビニングとも呼ばれる。しかしコンティグの正確なビニングは、ゲノム中のリピート配列、シークエ…

メタゲノムcontigのビニングとアノテーションwebサーバー BusyBee Web

メタゲノムシーケンシング、すなわち微生物混合群集から無差別に抽出されたDNAの全ゲノムシーケンシングは、分類学的組成および環境マイクロバイオームの機能的可能性を研究するために首尾よく使用されてきた(ref.1-4)。従来の単離培養工程の独立性は、費…