Algorithms for Molecular Biology
2021 6/19 タイトル修正 ハイスループットのシーケンスデータからゲノム配列をアセンブルすることは,実際には難しい計算問題であることがわかっている.最近のアプローチでは、安価なショートリードデータ(典型的にはIlluminaテクノロジー[1]を使用)と、P…
計算パンゲノミクスや系統樹解析では、複数のゲノムを並行して解析することが大きな課題となっている。系統樹の再構成の従来のアプローチは、マーカー遺伝子のような特定の配列のアラインメントに基づいている。しかし、複数の配列のアラインメントの問題は…
2019
連鎖地図
assembly
Algorithms for Molecular Biology
Pacbio
Nanopore long read
Reference-assisted assembly
assembly graph
PAF format
ハイスループットな第二世代シーケンシング技術は、大規模な新規アセンブリを可能にし、そして一般化した。しかしながら、それらのショートリード長は今日でも大きな問題を引き起こしている。1分子リアルタイムシークエンシング(SMRT)およびオックスフォ…
2019 7/26 追記 生物のDNA配列の正確な決定、すなわち、DNA分子中のヌクレオチドA、C、GおよびTの正確な順序を確立することは、生物学における基本的かつ挑戦的な問題である。本質的にこのプロセスは2つのステップから成っている:(1)ケミカルプロセスによ…