メタゲノム解析の進歩により、環境から直接微生物群集を研究することが可能になった。メタゲノム解析は、微生物群集の種を特定するための重要なステップである。次世代シーケンサーのリードは、ショートリードの情報が限られているため、通常コンティグにア…

2021 6/19 タイトル修正 ハイスループットのシーケンスデータからゲノム配列をアセンブルすることは，実際には難しい計算問題であることがわかっている．最近のアプローチでは、安価なショートリードデータ（典型的にはIlluminaテクノロジー[1]を使用）と、P…

計算パンゲノミクスや系統樹解析では、複数のゲノムを並行して解析することが大きな課題となっている。系統樹の再構成の従来のアプローチは、マーカー遺伝子のような特定の配列のアラインメントに基づいている。しかし、複数の配列のアラインメントの問題は…

ハイスループットな第二世代シーケンシング技術は、大規模な新規アセンブリを可能にし、そして一般化した。しかしながら、それらのショートリード長は今日でも大きな問題を引き起こしている。１分子リアルタイムシークエンシング（SMRT）およびオックスフォ…

2019 7/26 追記 生物のDNA配列の正確な決定、すなわち、DNA分子中のヌクレオチドA、C、GおよびTの正確な順序を確立することは、生物学における基本的かつ挑戦的な問題である。本質的にこのプロセスは2つのステップから成っている：（1）ケミカルプロセスによ…