macでインフォマティクス

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HTS (NGS) 関連のインフォマティクス情報についてまとめています。

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variant calling on RNAseq

（ヒト、マウス、ラット）RNA seqの前処理からリードカウントまで行うスケーラブルなパイプライン SPEAQeasy

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2021 1/25 わかりくい説明を修正、タイトル修正 RNAシーケンシング（RNA-seq）は、一般的で広く普及している生物学的アッセイであり、それによって生成されるデータの量は増加している。実際には、生のRNA-seqリードから発現変動遺伝子などの直接的に価値の…

（TCGA）インタラクティブな遺伝子発現解析のためのWebアプリケーション Phantasus

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2020 10/25 追記 Phantasusは、視覚的でインタラクティブな遺伝子発現解析のためのウェブアプリケーションである。Phantasusは、ヒートマップの可視化と解析のためのWebベースのソフトウェアMorpheusをベースにしており、OpenCPU APIを介してR環境に統合され…

GATKベストプラクティスに基づいた、RNA seqのバリアントコールを行うnextflowパイプライン CalliNGS-NF

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発現情報に加えて、RNAシークエンシング（RNA-seq）データは、分析対象の生物の遺伝子に存在する体細胞変異を取得するために使用することができる。CalliNGS-NFパイプラインは、RNAseqデータを処理して、スモールバリアント（SNV）、SNP、およびsmall INDELs…

RNA seqのバリアントコールにも対応したABRA2

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次世代シーケンス（NGS）は、さまざまなアプリケーションで広く使用されるツールになっている。バリアントコールは大きな関心が寄せられている領域であり、RNAへの関心も高まっている。NGSバリアントコールパイプラインの最初のステップの1つは、シーケンス…