variant calling on RNAseq
2021
docker
Preprint
automated pipeline
nextflow
workflow manager
mouse
human genome
RNA seq
variant calling on RNAseq
rat
2021 1/25 わかりくい説明を修正、タイトル修正 RNAシーケンシング(RNA-seq)は、一般的で広く普及している生物学的アッセイであり、それによって生成されるデータの量は増加している。実際には、生のRNA-seqリードから発現変動遺伝子などの直接的に価値の…
web tool
RNA seq
PCA
Pathway
proteome
heatmap
copy number variations
gene set enrichment analysis
human whole genome
disease
docker
multi-omics
methylation analysis
variant calling on RNAseq
TCGA
2020 10/25 追記 Phantasusは、視覚的でインタラクティブな遺伝子発現解析のためのウェブアプリケーションである。Phantasusは、ヒートマップの可視化と解析のためのWebベースのソフトウェアMorpheusをベースにしており、OpenCPU APIを介してR環境に統合され…
発現情報に加えて、RNAシークエンシング(RNA-seq)データは、分析対象の生物の遺伝子に存在する体細胞変異を取得するために使用することができる。CalliNGS-NFパイプラインは、RNAseqデータを処理して、スモールバリアント(SNV)、SNP、およびsmall INDELs…
2019
local assembly
somatic mutation
human genome
human exome
human whole genome
variant calling on RNAseq
small indel
SNV
次世代シーケンス(NGS)は、さまざまなアプリケーションで広く使用されるツールになっている。バリアントコールは大きな関心が寄せられている領域であり、RNAへの関心も高まっている。NGSバリアントコールパイプラインの最初のステップの1つは、シーケンス…