reference genome
2020
G3: Genes, Genomes, Genetics
eukaryotic genome annotation
large genome
microbial eukaryotes
結果の視覚化 (visualization)
web tool
ゲノム比較 (comparative genomics)
vertebrate
reference genome
protozoa
evaluation tool
contamination
plant
polyploid
animal
assembly
database
human genome
2020 6/15 追記 種の起源について不可知なシーケンスデバイスによって作成されたシーケンシングデータから標的ゲノムを再構築する場合、汚染された DNA によって混同される可能性がある。サンプル処理中に混入した場合でも、標的DNAとの共抽出によって混入し…
2019
Preprint
bacteria
archaea
database
ANI
protozoa
virus
fungi
reference genome
インフォマティクス解析をサポートするツール
ゲノム比較 (comparative genomics)
2020
Journal of Open Source Software
2020 3/8 コメント削除、タイトル修正 公共データベースで利用可能な微生物ゲノムの数は増え続けており、多くのin-silico分析、例えば 一塩基多型の検出、scaffolding、比較ゲノミクス、に必要なリファレンスゲノムの最適な選択がますます困難になってきてい…