macでインフォマティクス

macでインフォマティクス

HTS (NGS) 関連のインフォマティクス情報についてまとめています。

生物種の推定 (taxonomic profiling)

シークエンシングリードから直接分類学的プロファイリングを行う MetabuliのGUIアプリケーション(ノートPCでも動作)

MetabuliのGUIアプリがリリースされているので簡単に紹介します。 https://github.com/steineggerlab/Metabuli-App/releases/tag/v1.0.0 "これはMetabuli Appの最初のリリースで、これまでコマンドライン経由でのみ利用可能だったMetabuliメタゲノム分類ツー…

アミノ酸とDNAのジョイント解析による高感度で特異的なメタゲノミックリードの分類器 Metabuli

2024/05/22 追記、誤字修正、コメント追加 2024/08/22 追記 メタゲノムの分類学的な分類器は、DNA配列かアミノ酸(AA)配列のどちらかを解析する。しかし、Metabuli (https://metabuli.steineggerlab.com)は、DNAとAAの両方を共同で解析し、感度の高い相同性…

ヒトmycobiomeプロファイリングのために真菌の分類学的および機能的データベースを組み込んだパイプライン FunOMIC

細菌マイクロバイオームの解析は日常的に行われるようになったが、真菌マイクロバイオームの解析は、頑健なデータベースとバイオインフォマティック・パイプラインの欠如によって、いまだに妨げられている。ここでは、真菌を同定するための分類学的データベ…

メタゲノムロングリードの分類学的分類と定量を行う Melon

2024/09/04 論文引用 ロングリードシーケンスは、複雑な微生物群集の特徴を明らかにする上で大きな可能性を秘めているが、ロングリード専用に設計された分類学的プロファイリングツールはまだ不足している。ここでは、ロングリードのユニークな特性を生かし…

GTDBのtaxonomyとゲノムからKrakenデータベースを作成する GTDB_Kraken

2023/08/11 説明を修正 2024/08/20 追記, kraken1 からkraken2に変更 GTDBでもサードパーティとして紹介されているが、レポジトリGTDB_KrakenでGTDBのリリースR86のkrakenデータベースが公開されている(属レベルでアサインされていない分類 (g__) は排除さ…

系統マーカー遺伝子を自動で取り出して自動で系統推定を行う PHANTASM

16SリボソームRNA(rRNA)遺伝子の塩基配列は、数十年にわたり原核生物の分類学的位置づけを知るために用いられてきた。全ゲノム解析は、生物の進化的関係をより明確にすることができるが、このような解析には、微生物学者には珍しい計算能力が必要なことが…

アンプリコンベースの菌叢解析のための包括的なプラットフォーム MOCHI

微生物叢の解析は、健康や科学にとって重要な意味を持つ。これらの解析では、16S/18S rRNA遺伝子シーケンスを利用して分類群を同定し、種の多様性を予測する。しかし、微生物叢データを解析するための利用可能なツールのほとんどは、適切な実装のために熟練…

メタゲノムの高感度分類と柔軟な機能アノテーションのためのパイプライン MEDUSA

メタゲノム研究により、微生物群集の分類学的構成や機能の詳細が明らかになった。完全なメタゲノム解析には、目的別に異なるツールが必要であり、これらのツールの選択とセットアップは依然として困難である。さらに、選択したツールセットは、結果で報告さ…

MMseqs2 コマンド其の4 分類群をアサインする mmseqs taxonomyコマンド

今年出た論文(*1)より MMseqs2 taxonomyは、メタゲノムのコンティグに分類学上のラベルを付与する新しいツールである。各コンティグから可能性のある全てのタンパク質断片を抽出し、分類学的なアノテーションに貢献できるものを素早く取り出し、それらにロ…

ショートリードまたはロングリードのシーケンスデータからウイルスや微生物を迅速に同定する fastv

本論文では、ショートリードまたはロングリードのシーケンスデータからウイルスや微生物を迅速に同定するためのツールセットと関連リソースを紹介する。fastvは、シーケンシングデータ中に存在する微生物の配列を検出し、対象となる微生物を同定し、微生物ゲ…

原核生物のゲノムアセンブリでキメラや汚染を評価する GUNC

2021 1/18 解析例追加、6/15 論文引用 2022/06/16 コマンド更新、10/13 追記 2024/05/08 追記 ゲノムは原核生物の系統の遺伝的青写真であり、現在進行中の微生物世界のセンサスの中心にある微生物学の基本単位であり、微生物の生態と進化の研究に不可欠なも…

16S rRNA遺伝子から種を絞り込む unassigner

16S rRNA遺伝子はすべての細菌に存在し、その遺伝子配列は高度に保存されている。細菌の16S rRNA遺伝子の増幅と配列決定は、マイクロバイオーム研究における細菌群集の調査に用いられる一般的な方法である。しかし、ハイスループットな装置では、遺伝子全体…

メタゲノムのビニングされた真核生物由来コンティグの品質を調べる EukCC

微生物のDNAは日常的に抽出され、配列決定され、ゲノムにアセンブリされている。回収されたゲノムの品質を推定することは、不完全なゲノムや汚染されたゲノムが公表されるのを防ぐために非常に重要である。シングルコピーマーカー遺伝子(SCMG)は、新たにア…

Average amino acid identity(AAI)を計算する CompareM

2020 10/5 追記 2020 10/9 修正 CompareMは大規模な比較ゲノム解析をサポートするソフトウェアツールキットである。ゲノムのセット(アミノ酸の同一性など)と個々のゲノム(コドン使用率など)の統計を提供する。数千ゲノムへのスケーラビリティを可能にす…

入力プロテオームから類似したタンパク質のデータベースを自動検索し、プロテオームから近い種を調べる AAI-profiler

全ゲノムショットガンシーケンスは、分類学的分類の再評価を推進し、シングルセルゲノミクスの出現は生物多様性に関する知識を大きく広げている(1)。これらすべての応用分野において、分類学的分類に関するオリジナルの文献を検索するよりも、配列データを直…

メタゲノム由来コンティグから真核生物のタンパク質配列を予測する MetaEuk

2020 7/26 更新完了 メタゲノミクスは、微生物とその生物学的、生物医学的、地球化学的プロセスへの関与の研究に革命をもたらしており、事前の培養を必要とせずに、膨大な数の生物を直接シーケンスして調査することが可能になっている。単細胞真核生物は、主…

メタゲノムのビニング後の解析を行う自動化されたパイプライン MetaSanity

2020 5/29 構成を修正、タイトル変更 2020 6/1 コマンド修正 2021 10/5 ツイート追記 マイクロバイオーム研究の重要性はますます一般的になっており、さまざまな生態系(例:海洋、構築、宿主関連など)を理解するために不可欠である。研究者は、微生物ゲノ…

anvi'oを使ってメタゲノム解析を行う

2020 4/22 追記 2020 5/20 コード修正 ハイスループットシーケンシングとオミックス技術の進歩は、自然界に存在する微生物群集の研究に革命をもたらしている。微生物のライフスタイルを包括的に調査するためには、遺伝情報を対話的に整理して可視化し、複雑…

単離バクテリアゲノムのアセンブリ、アノテーション、比較ゲノム解析を行う高度に自動化されたパイプライン ASA3P

2020 3/22 ツイート、関連ツールリンク追記 2020 3/25 コメント追記 2020 3/26 誤字修正 2020 5/12 インストール追記 1977年に、DNAシーケンスがフレデリックサンガーによってサイエンスコミュニティに導入された[ref.1]。それ以来、DNAシーケンスは、ジデオ…

計算リソースを効率的に使って多数のよく似たバクテリアゲノムを素早く分析する自動化されたパイプライン Bactopia

2020 3/17 パラメータ追記、コマンド修正、タイトル修正 2020 3/18 追記 2020 5/11 説明追加 2020 8/13 論文追記 2020 12/9 ツイート追加 2021 2/24アップデートされたコマンドに修正 2021 10/7 ツイート追加 イルミナのテクノロジーを使用した細菌ゲノムの…

最新のデータベースを使ってメタゲノムのリードのtaxonomic assignmentを行う ganon

リファレンスおよびtaxonomyに基づくショートリードの分類は、メタゲノムの基本的なタスクである。 シーケンス後に行うことができる環境サンプルからの各リードの起源の定義は、通常は量の推定、プロファイリング、およびアセンブリ前の最初のステップである…

メタゲノムアセンブリから真核生物由来配列を予測する EukRep

真核微生物は生態系機能の重要な貢献者である。微生物群集の中の真核生物を特定するために遺伝子調査またはDNA「バーコード」が頻繁に使用され、真核生物の多様性の幅が示されている(Pawlowski et al、2012)。ただし、これらのアプローチでは種を検出する…

DNA解析ソフト4 次世代シークエンシングデータも扱える Unipro UGENE その1

2020 1/6 タイトル修正 2020 3/2 わかりにくい説明を修正 明けましておめでとうございます。今年もよろしくお願い致します。 2020年初回はDNA解析ソフトUGENEを紹介します。発表はかなり前ですが、今でもアップデートが続いており、塩基配列の編集のみならず…

包括的なメタゲノム解析パイプライン MAGO

微生物種はさまざまな環境で重要な役割を果たしているが、メタゲノムデータセットからの高品質のゲノムの生成は、その生態学的および進化のダイナミクスを理解する上で大きな障害となっている。 Metagenome-Assembled Genomes Orchestra(MAGO)は、複数のマ…

HMMER web server

シーケンスの類似性を検出するためのプロファイル隠れマルコフモデル(HMM)の使用は広く普及している。それらの人気は、いくつかの関連およびアラインされた配列を使用してプロファイルHMMを構築できるという事実に由来し、それを使用して大きなシーケンス…

植物のRNA seqデータからvirus配列を検出する Kodoja

ウイルス感染は、食物と燃料のために栽培される作物で特に重要な問題である。ウイルスは収量と品質の大きな損失を引き起こし、その結果、ウイルスは重要な経済的悪影響を及ぼす[ref.1]。英国では、ポテトウイルスYは年間3,000〜4,000万ポンドのジャガイモの…

普遍的な single-copy proteinsに基づいてバクテリアとアーキアを分類するGenome Taxonomy Database (GTDB) とその分類ツール GTDB-Tk

2019 10/28 誤字修正、コメント追加、11/5 誤字修正、捕捉追加、11/6 追記 2020 2/21 インストールコマンド修正、3/4 ツイート追加、4/21 インストールの説明を修正、8/23 補足 、9/9 KBase補足、論文リンク追加、12/28 データベースダウンロードリンク更新 …

包括的なメタゲノム解析パイプライン ATLAS

2019 10/26関連ツール追加、10/26 インストール手順修正、10/29 同上、10/29 コメント追加 2020 6/28 論文とツイート追記、実行手順は確認中、2/7, 4/27, 4/29 インストール手順とラン手順追記 2021 5/1 dockerインストール追記、5/12 バグ修正手順追記(非…

Metagenomic contigsの分析と可視化のための自動化されたパイプライン MetaErg

2019/10/24 MetaCycの結果追記 2021 1/27 誤字修正 ゲノムアノテーションは、文字通り、アセンブリされたDNA分子の特徴の注釈である。そのような特徴は、そもそも、タンパク質をコードする遺伝子[「オープンリーディングフレーム」(ORF)]およびリボソーム…

メタゲノムのtaxonomic assignmentと定量を行う CCMetagen

環境試料および宿主関連試料(メタゲノミクスおよびメタトランスクリプトミクス)のDNAおよびRNAのハイスループットシークエンシングは、どの生物が試料中に存在するかを評価するための強力なツールである。Taxonomy同定ソフトウェアは通常、個々のショート…