MGnifyプラットフォーム（https://www.ebi.ac.uk/metagenomics）は、微生物由来の核酸配列のアセンブリ、解析、保存を容易にする。このプラットフォームでは、メタバーコード、メタトランススクリプトーム、メタゲノムなど、様々な環境由来のデータセットを…

2022/09/07 誤字修正、オプション追記, 10/17 インストール手順修正 2022/12/18 論文引用 2024/02/05 追記 分類学的プロファイリングは、生物試料中の微生物の相対的な存在量を検出・定量することを目的としたマイクロバイオーム研究の基本的なタスクである…

近年のハイスループットなオミックス技術により、大量の生物学的データが生み出されている。このようなビッグオミックスデータを可視化することは、様々な生物学的問題に答えるために必要不可欠である。簡潔でありながら包括的な戦略として、ヒートマップは…

ヒトを含むすべての脊椎動物は、2回の全ゲノム重複（2R-WGD）を経た祖先から進化してきた。また、テレオスの魚類では、さらに3回目のゲノム複製（3R-WGD）が行われている。これらのゲノム重複から保持された遺伝子、いわゆるオルソログは、脊椎動物の複雑性…

代表的なモデル生物6種（ヒト、マウス、ラット、ミミズバエ、線虫、出芽酵母）から得られた公開されているクロマチン免疫沈降シークエンス（ChIP-seq）とDNase-seqデータ（n>70,000）を完全に統合し、ChIP-Atlas（http://chip-atlas.org）と名付けられたデー…

Genome Variation Map (GVM; http://bigd.big.ac.cn/gvm/) は、ゲノム変異の公開データリポジトリである。幅広い種のゲノム変異を収集・統合することを目的としており、世界中から様々な変異タイプの投稿を受け付けており、世界中の研究活動を支援するために…

2020 6/15 追記 種の起源について不可知なシーケンスデバイスによって作成されたシーケンシングデータから標的ゲノムを再構築する場合、汚染された DNA によって混同される可能性がある。サンプル処理中に混入した場合でも、標的DNAとの共抽出によって混入し…

全ゲノムシーケンス（WES）は、ヒトゲノムのタンパク質コーディングエクソンのターゲットシーケンスであり、新しいメンデル遺伝病遺伝子を特定するための強力で費用対効果の高い方法であり、診断環境でもますます使用されている[Bamshad et al 、2011; Robin…

2019 6/13 追記 2022 1/7 補足追加 エンリッチメント解析は、大量の遺伝子リストに関連する機能を決定し、生物学的過程を解釈する可能性を高めるための効率的かつ迅速な方法である（ref.1）。Biological processes（BP）、molecular functions（MF）、cell c…

2021 1/9 ツイート追記 10年前の最初の記述以来、RNAシーケンス（RNA-seq）はトランスクリプトームにおける強力な方法となり、非常に正確な遺伝子発現の定量を可能にした[ref.1]。シークエンシングのコストが下がるにつれて、RNA seqのデータは科学文献でよ…