Githubより Grayskullはcondaのレシピを自動生成します。このプロジェクトの主な目的は、conda-forgeのための簡潔なレシピを生成することです。Grayskullプロジェクトは、最終的にconda skeletonを置き換えることを意図して作られています。現在、Grayskull…

進化のパターンとプロセスを推測し、表現型の違いをゲノムの変化に関連付けるために、遺伝子とゲノムの比較がますます使用されている。最近の高スループットシーケンステクノロジーの出現により、比較ゲノミクスにおけるメソッドと視覚化ツールの必要性が大…

近年、シーケンシング技術の発展、特にPacific Biosciences（Eidら、2009）およびOxford Nanopore Technologies（Laverら、2015）を含む第三世代シーケンシングの急速な進歩、BioNanoゲノムマッピング（Caoら、2014）およびハイスループットクロマチンコンフ…

オミクスデータの機能分析に利用できる方法が多すぎるにもかかわらず、結果の包括的なまだ詳細な理解を得ることは困難なままになっている。これは主に、この種の情報を視覚化するための公開ツールが不足しているためである。ここでは、グラフィック表示を強…

データ駆動型サイエンスの最近の発展により、研究者は複数のソースからのデータを、多様な実験手順やデータベース上で統合するようになった。特にデータポイントの数がクラス間で異なる場合、データを正確に可視化する上で大きな課題となっている。サンプル…

ロリポップダイアグラム は、ガンゲノミクスにおける遺伝子変異のトランスレーショナル効果を可視化し、探索するために広く用いられているグラフィカルな表現の一つである。しかし、使いやすい機能を備えたロリポップダイアグラムツールはまだ不足している。…

2020 4/15 コマンド修正, 手持ちのファイルを使う例を追記 一塩基多型や関連する遺伝的変異を呼び出すソフトウェアは、選択された出力フォーマットとしてバリアントコールフォーマット（VCF）に収束してきている。これにより、VCFファイルを扱うツールの必要…

生物学的実験はますます大きく、多面的なデータセットを生み出している。そのようなデータを探索して観察結果を伝達することはますます困難になっており、堅牢な科学的データ視覚化の必要性は加速している[ref.1、2、3、4]。特にWebベースのインタフェースや…

ヌクレオソーム、これは147 bpのDNAがA約1.7ターンでヒストンオクタマーに包まれる真核生物のDNAパッケージングの基本単位である（Luger、et al、1997）。標的部位へのDNA結合因子のアクセスは、これらの部位がヌクレオソームフリー領域（NFR）にある場合、…

2020 2/29 誤字修正 クラスターヒートマップは、高次元のデータを視覚化するための一般的なグラフィカルな方法である。その中で、数値のテーブルは、色付きセルのタイル状のマトリックスとしてスケーリングおよびエンコードされる。マトリックスの行と列は、…

Phylogenetic profilesは、種間の遺伝子の有無パターンを捕捉する（Pellegrini et al、1999）。特定の種にオルソログが存在することは、対応する機能も表されていることの証拠となることがよくある（Lee et al、2007）。さらに、2つの遺伝子がそのPhylogenet…