macでインフォマティクス

macでインフォマティクス

HTS (NGS) 関連のインフォマティクス情報についてまとめています。

GenBank

GenBank Flat File FormatとJSON間の変換を行う GBSON

HPの解説より GenBank Flat File Format (.gb または .gbk) は、核酸やタンパク質の配列とそのアノテーションを保存できるファイルフォーマットとして広く利用されている。NIHの遺伝子配列データベース「GenBank」(https://www.ncbi.nlm.nih.gov/genbank/)…

GenBankファイルから配列とメタデータを取り出す gbmunge

この小さなCプログラムgbmungeは、GenBankファイルをFASTA配列とタブで区切られたメタデータに変換する。 GenBankファイルから以下の情報を抽出する。 名前 アクセッション 長さ 投稿日 ホスト 国 収集日 これらの情報を抽出するだけでなく、日付はBEASTのよ…

原核生物の遺伝子配列をGenBankファイルから簡単に検索するためのウェブツール BAGET 2.0

細菌ゲノムや古細菌ゲノムの完全シークエンスから単一の遺伝子配列とコンテキストを検索することは、ウェットベンチ生物学者にとっては気が遠くなるような作業である。既存のウェブベースのゲノムブラウザは、日常的に使用するには複雑すぎるか、原核生物ゲ…

GenbankアクセッションIDからtaxonomyを返す acc2tax

タイトルの通りのツール。 インストール macos標準のclangでビルドした。 Github git clone https://github.com/richardmleggett/acc2tax.gitcd acc2tax/cc -o acc2tax acc2tax.c#パスの通ったディレクトリにコピーcp acc2tax /usr/locasl/bin/ > acc2tax -h…

GenBankから配列やアノテーションを取り出すWebサービス FeatureExtract

イントロン/エクソン構造、プロモーター領域の内容、上流域および下流域における他の遺伝子の位置など、DNA配列の特徴のアノテーションに簡単にアクセスできることは、多くの生物学的問題に取り組むことが非常に有益である。たとえば、遺伝子内のイントロン…