2020-06-01から1ヶ月間の記事一覧
代謝遺伝子クラスター（MGC）は、特定の代謝パスウェイのゲノム上で共局在し、潜在的に共制御される遺伝子である。細菌のオペロンとは対照的に、それらは単一の転写ユニットの制御下にはない。 MGCは真菌ゲノムによく見られ、MGCは植物の例外としてのみ発生…
2020 6/29 インストール手順修正 Pacific Biosciences（PacBio）によるSingle Molecule Real Time（SMRT）シーケンスや、Oxford Nanopore Technologies（ONT）によるnanoporeシーケンスなどの第3世代シーケンスプラットフォームは、数キロベースからメガベー…
2020 6/29 補足説明追加。 RNA-seq技術は、導入以来、病原性細菌の研究において異なる条件にさらされた細菌からの複数のサンプルにわたる遺伝子発現の違いを同定し、定量化するために広く利用されてきた。一部の例外を除いて、遺伝子発現を評価するための現…
DNA シーケンシング技術と計算手法の向上により、多くの種の高品質なゲノムアセンブリが大幅に増加している。これらのゲノムの生物学を理解するためには、遺伝子の特徴やその他の機能的エレメントのアノテーションが不可欠であるが、ほとんどの種ではリファ…
2021 1/15 ファイルサイズが大きいと受け付けないエラーが修正されたのを確認 ゲノム配列は何万もの微生物について利用可能である。これらの微生物のほとんどについては、分離された条件以外にその生理学についてはほとんど知られていない。また、酵母エキス…
Prochlorococcus Metapangenome - Anvi'o Server anvi'oは様々な解析方法や表現方法をサポートするマルチオミクス解析パッケージである。その機能の1つに、パンゲノムやメタゲノム（binned.fasta）のgenomic ANIを総当たりで計算し、 anvi'oマップにヒートマ…
オミクスデータの機能分析に利用できる方法が多すぎるにもかかわらず、結果の包括的なまだ詳細な理解を得ることは困難なままになっている。これは主に、この種の情報を視覚化するための公開ツールが不足しているためである。ここでは、グラフィック表示を強…
信頼性の高い標準化されたゲノムアノテーションは、ゲノム配列データの系統的な比較解析に不可欠な前提条件である。これは、特に系統の再構成、ゲノムリアレンジメントのメカニズムの研究、配列変化の影響の調査に当てはまる。正確で偏りのないアノテーショ…
核内ゲノムをアセンブルしている間に、Falconやcanu、その他の素晴らしいアセンブラはミトコンドリアゲノムのアセンブルに完全に失敗しているか、ミトコンドリアゲノムのアセンブルを誤っていることに気がついた。ミトコンドリアゲノムが入力DNAの大部分より…
2020 6/21 タイトル変更 2021 11/23 インストール手順修正 MCScanは、複数のゲノムまたはサブゲノムをスキャンして、相同性のあると思われる染色体領域を特定し、遺伝子をアンカーにしてこれらの領域を整列させることができるアルゴリズムである。MCScanXツ…
2020 6/19 説明追加 相同配列の解析では、マルチプルシーケンスアラインメント（MSA）の計算がボトルネックになっている。特にリボソームRNA（rRNA）のようなマーカー遺伝子の場合、数百万の配列がすでに公開されており、個々の研究で数十万の新しい配列を簡…
2020 7/7 リンクミス修正 2020 12/6 論文追記 モデル生物におけるDNAリピートの研究は、ゲノムの進化や表現型の変化を促進する多くのプロセスにおけるリピートDNAの役割を浮き彫りにしている。反復配列はシングルコピーDNAよりもはるかにダイナミックである…
微生物は様々な環境の中で重要な役割を果たしている。微生物の組成を特定し、その存在量を推定することで、環境試料中の微生物の相互作用を理解することができる。微生物の環境をより深く理解するために、微生物ゲノムのメタゲノムアセンブリを用いて、環境…
複数の空間的または縦断的生検から得られたシーケンシングデータを解釈する際には、サンプルのmix upを検出することが不可欠であるが、生殖細胞変異の研究よりも困難である。腫瘍のほとんどのゲノム研究では、遺伝的変異は腫瘍とサンプル提供者の正常組織の…
細菌や古細菌に感染するウイルスは世界的に豊富であり、ほとんどの環境で宿主の数を上回っている [ref.1,2,3]。ウイルスは、感染時に宿主細胞の代謝状態を再プログラムすることができる義務的な細胞内病原性遺伝要素であり、多様な環境下で毎日20～40％の微…
2020 12/7 論文引用 2023/07/25 ツイート追記 複数シーケンスのアラインメントにおける発散性の高い部位は、相同性の誤った推論や置換の飽和に起因しており、系統推論に悪影響を及ぼすと考えられている。トリミング手法は、系統推論の前にこれらのサイトを除…
2020 5/13 コマンド追記、タイトル修正 2020 6/27 タイトル再修正 hyperfineはRustのベンチマークツール。コマンドを自動で複数回実行し、結果をまとめてくれる。 インストール GIthub cargoで導入できる（cargo導入）。 cargo install hyperfine > hyperfin…
細菌ゲノムの進化を推進する進化の力の一つは、horizontal gene transfer（HGT）による遺伝子群の獲得である。これらのゲノムアイランドは、抗生物質を阻止する能力、病原性または超病原性になる能力、または新規の代謝形質を獲得する能力などのような、レシ…
ショートリードからゲノム配列をアセンブリするプロセスの重要なステップの一つに、ドラフトゲノム中のコンティグを順序付け、方向付けを行うスキャフォールディングがある。現在、単一のリファレンスゲノムをベースにしたいくつかのスキャフォールディング…
2023/07/12 追記 ウイルス性因子データベース（VFDB、http://www.mgc.ac.cn/VFs/）は、細菌の病原性を解読するための包括的なアーカイブとオンラインプラットフォームを研究者に提供することに専念している。ウイルス性因子（VF）の様々な組み合わせ、組織、…
脊椎動物ラージゲノムの全ゲノムショットガン（WGS）アセンブリは、過去20年間のバイオインフォマティクス研究の重要なテーマだが、脊椎動物の大型ゲノムについては、単一のバイオインフォマティクスツールを用いて完全にアセンブリされた染色体を得ることは…
IQ-TREEはTREE-PUZZLEの後継プログラムであり、大規模な系統樹データの最尤解析を行うための効率的で汎用性の高い系統樹ソフトウェアである。IQ-TREEは効率的にツリー空間を探索し、RAxMLやPhyMLよりも高い尤度を達成することが多い。IQ-TREEの他の重要な特…
データ駆動型サイエンスの最近の発展により、研究者は複数のソースからのデータを、多様な実験手順やデータベース上で統合するようになった。特にデータポイントの数がクラス間で異なる場合、データを正確に可視化する上で大きな課題となっている。サンプル…
2020 6/5 誤字修正 2020 6/8 追記 7つのハウスキーピング遺伝子に基づくレガシーMLST(multilocus sequence typing)は20年前に導入され(Maiden et al. 1998)、現在では多数の細菌病原体の特徴付けに日常的に使用されている(Jolley and Maiden 2014)。MLSTは、…
2020 6/6コマンド修正 ロングリードシーケンシング技術（Pacific BiosciencesおよびOxford Nanoporesによって開発された）は、ショートリードシーケンシング技術と比較して改良されたアセンブリをもたらした。しかしながら、それらの応用、特にメタゲノミク…
炭水化物は、核酸、タンパク質、脂質とともにすべての細胞に存在する4つの主要な生体高分子の1つである。炭水化物には、単糖類、オリゴ糖、多糖類がある。糖タンパク質や糖脂質などの他の生体高分子に糖質が共有結合したハイブリッド生体高分子は、糖質複合…
2020 6/3 文章修正 ドットプロットは、異なるサイズと色のドットを用いて2つの定量情報を同時に表示するコンパクトな方法を提供するヒートマップのようなチャートである。この可視化方法は、特にシングルセルRNA-seq研究で人気があるにもかかわらず、ドット…
2020 6/4 写真差し替え Dust は、sortやheadコマンドを必要とせずに、どのディレクトリがディスクスペースを使用しているかの概要を即座に表示することを目的としている。Dust は最大のサブディレクトリやファイルのうち、末端の高さよりも少し小さい数のも…
