macでインフォマティクス

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HTS (NGS) 関連のインフォマティクス情報についてまとめています。

transformer

Transformer / GPT の内部処理をブラウザ上で可視化して学ぶ transformer-explainer

AI推敲済み Transformerは機械学習に革命をもたらしたが、その内部構造は多くの人にとって依然として不透明である。そこで本著者らは、非専門家がGPT-2モデルを通してTransformerについて学ぶことができるように設計されたインタラクティブな視覚化ツール、T…

ナノポアシーケンスシグナルのためのエンドツーエンドのTransformerベースシミュレーター NanoSimFormer

ナノポアシーケンスは、R10.4.1フローセルと高性能Transformerベースのベースコールモデルの登場により、新たな精度基準を達成した。しかし、既存のシグナルシミュレーターは、静的なポアモデルに依存したり、ベースコールに関連する最適化目標が欠如してい…

転写因子とDNAの結合予測を行う TFBindFormer

2026/04/20 結果記載 転写因子(TF)は遺伝子発現の中心的な制御因子であり、ゲノムDNAの選択的認識は様々な生物学的プロセスの根底にある。クロマチン免疫沈降法とそれに続くシーケンス解析(ChIP-seq)を用いたTF-DNA相互作用の実験的プロファイリングは、…

天然変性タンパク質を予測する ADOPT

天然変性タンパク質(Intrinsically disordered proteins: IDPs)(wiki)は、広範な生物学的機能に重要であり、多くの疾患に関与している。内在性無秩序を理解することは、IDPを標的とする化合物を開発するための鍵となる。IDPの実験的特性解析は、IDPが非…