macでインフォマティクス

macでインフォマティクス

HTS (NGS) 関連のインフォマティクス情報についてまとめています。

pan-proteome

パンゲノムグラフの構築と探索を行う pantools

配列決定されたゲノムの数が増え続けており、比較ゲノムのためのパンゲノムアプローチの開発が必要とされている。2016年に発表されたPanToolsは、パンゲノム構築、ホモロジーグループ化、パンゲノムリードマッピングを可能にするプラットフォームである。グ…

パンゲノム解析ツールキット PATO

2022/06/30 エラー発生時の対処例追記 デスクトップパソコンを用いて数千のゲノムを同時に解析するために設計されたPangenome Analysis Toolkit (PATO)を発表する。このツールは、コアゲノムの定義やアクセサリーゲノムの特性といったパンゲノム解析の共通タ…

Uniprotのパンプロテオーム

明けましておめでとうございます。 今年もよろしくお願い致します。 パンプロテオームとは、closely related (高度に関連した)生物群(例えば、同じ細菌種の複数の株)によって発現されると考えられるタンパク質の完全な集合のこと(panはギリシャ語で"whole…