macでインフォマティクス

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HTS (NGS) 関連のインフォマティクス情報についてまとめています。

PLOS Biology

遺伝子ファミリーツリーからシングルコピーのオルソログを検索する OrthoSNAP

系統学的研究やゲノムワイドな選択調査などの分子進化研究は、しばしばシングルコピーオルソログ(SC-OG)の遺伝子ファミリーに依存している。トランスポーターや転写因子などいくつかの重要な遺伝子ファミリーに見られる現象であるが、1つ以上の種に複数の…

正確な系統推定のためのアラインメントトリミングツール ClipKIT

2020 12/7 論文引用 2023/07/25 ツイート追記 複数シーケンスのアラインメントにおける発散性の高い部位は、相同性の誤った推論や置換の飽和に起因しており、系統推論に悪影響を及ぼすと考えられている。トリミング手法は、系統推論の前にこれらのサイトを除…

時系列データなどの連続データを視覚化するwebサービス PlotTwist

2020 3/13 誤字修正、補足説明追加 要約だけでなく、個々の測定からの実際のデータを表示することで、実験結果の理解が深まり、より完全な全体像が得られることは長年にわたって強調されてきた[ref.1-3]。これは、ダイナミクスを研究するための時間依存デー…

データを可視化するwebツール PlotsOfData

2019 4/11 twitterリンク追記 2020 3/2 関連リンク追加 近年、いくつかのグループが、データの要約ではなく実際のデータをグラフで表示することを提唱している[ref.1-4]。生データは、ヒストグラムやドットプロットなど、さまざまな方法で視覚化できる。デー…