nf-core
nf-core
workflow manager
結果の視覚化 (visualization)
相関分析
分子系統樹
automated pipeline
2020
Frontiers in Microbiology
amplicon sequence
nextflow
2021 2/13 誤字修正 微生物群集の構成を明らかにし、微生物集団の動態を解明し、環境試料中の微生物の多様性を探るための主要な手法の一つとして、DNAやRNAを用いた16S rRNA（遺伝子）アンプリコンシークエンシングとバイオインフォマティクス解析を組み合わ…
nf-core
docker
automated pipeline
human exome
human genome
human whole genome
SNV
small indel
deep neural network
nextflow
nf-core/deepvariantより 2017年12月にGoogleブレインチームがDeepLearningをベースにしたVariant Caller, DeepVariantをリリースした。DeepVariantはまずBAMファイルに基づいて画像を構築し、次にDeepLearningの画像認識アプローチを使用してバリアントを取…
2020
F1000Research
human genome
tumor
variant
small indel
somatic mutation
workflow
automated pipeline
docker
germline
nf-core
nextflow
2021 2/9 タイトル修正 2021 2/12, 2/15コマンド追記 2021 5/16 コメント追記 全ゲノムシークエンシング(WGS)は、精密医療の発展のための研究の基盤技術であるが、WGS解析のためのポータブルで使いやすいワークフローが限られていることが、多くの研究グルー…
