GPU
DNA配列中のパターンを同定し図示することは、様々な生物学的データ解析において極めて重要な作業である。この作業では、DNA配列の基本的な構成要素であるkmmerの集合によってパターンが表現されることが多い。これらのパターンを視覚的に明らかにするために…
2023/07/10 誤字修正 2024/04/19 チュートリアルリンク追記 環境試料からメタゲノムアセンブリゲノム（MAG）を再構成するメタゲノムビニング法は、大規模なメタゲノム研究において広く用いられている。最近提案された半教師ビニング法SemiBinは、いくつかの…
ナノポアシーケンスにより、ポイントオブケア診断や現場でのジェノタイピングなど、携帯可能なリアルタイムシーケンスアプリケーションが可能になる。このような成果を得るためには、生のナノポアシグナルデータを解析するための効率的なバイオインフォマテ…
2022/03/11追記 2023/03/05 追記 トランスクリプトームやトランスラトーム技術の進歩により、RNAの活性プロファイルやRNAによる制御機構を深く研究することが可能になった。リボソームRNA（rRNA）配列は細胞内RNAの中で非常に豊富に存在するが、ターゲット配…
2024/04/20 インストール手順修正 タンパク質オロソログ群データベースは、進化解析、機能アノテーション、または系統を超えた代謝パスウェイのモデリングのための強力なツールである。また、配列は通常、プロファイル隠れマルコフモデルなどのアライメント…
2020/07/23 モニターコマンド追記 2021/01/8 helpのバージョン更新 2021/08/22 更新 2022/1/7 v6に更新（helpはv4） 2022/02/16 helpをv6に更新 タイトルの通り、GuppyのGPU版を使うまでの流れをまとめておきます。 ubuntuへのインストール １、Nvidia GPU d…
Pacific Biosciences [ref.1]やOxford Nanopore [ref.2]のような企業のシーケンシング技術がゲノムアセンブリ[ref.1]、[ref.10]、抗菌剤耐性遺伝子[ref.18]、個人用トランスクリプトームシーケンシング[ref.19]、およびドラフトゲノム[ref.20]の改善に寄与し…
Multiplexing（バーコード）は、ハイスループットDNAシーケンス能力を複数のサンプルに分散させるために使用される一般的な方法である[ref.1]。各入力DNA試料について、独自のバーコードがシーケンシング用に調製されたDNA分子のライブラリーに組み込まれる…
2019 3/12 タイトル修正 2019 3/12 コマンド追記、誤ったコメント削除 2020 1/19 GPU版のリンク追記 2020 5/4 3.6ツイート追記 2021 1/8 helpのバージョン更新、リンク切れ修正 GPU版 2020 3/13 構成を微修正、タイトル変更 20200 7/15 guppy v4.0.11 I got …
2018/12/21 anacondaとtwitterリンク追記 リンクミス修正 2019 3/6 minimap2に変更, 6/12 関連ツール追記, 6/13 関連ツール追記, 7/23 コードエラー修正、ショートリード使用例追記, 7/24 ループ用スクリプト追加、解析例追加、help更新, 7/29 追記 2022/04/…
