macでインフォマティクス

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HTS (NGS) 関連のインフォマティクス情報についてまとめています。

食中毒

メタゲノムシーケンスデータから菌体の株レベルプロファイリングを行う Snipe

2022/09/06 追記 食中毒は、開発途上国と開発途上国の両方において、世界の食品の安全性と公衆衛生を脅かす顕著な脅威となっている。毎年、病原体に汚染された食品は、米国で約4,800万人の人に病気を引き起こし、12万8,000人が入院し、3,000人が死亡している…

バクテリアやアーキアの遺伝子を予測するProdigal(メタゲノムデータセットにも対応)

2019 5/8 インストール追記 2021 7/13 help更新 2022/07/20 追記 ProdigalはDynamic Programmingの方法論により効率的にバクテリアやアーキアの遺伝子を探すツール。既存の方法は様々存在するが、本手法はまずインプットゲノムを分析してモデルを構築し、そ…