Current Protocols in Bioinformatics
2008
2014
Genome Research
Plant Physiology
Current Protocols in Bioinformatics
eukaryotic genome annotation
2008年の論文 移植可能で容易に設定可能なゲノムアノテーションパイプラインであるMAKERを開発した。MAKERの目的は、研究者が独立して真核生物ゲノムのアノテーションを行い、ゲノムデータベースを作成することである。MAKERはリピートを識別し、ESTやタンパ…
2022/09/13 追記、誤字修正 Current Protocols in BioinformaticsにBUSCOの使い方に関する論文が出ています。（引用1）。その論文のパートの１つ；”Support Protocol 3: BUILDING PHYLOGENOMIC TREES”では、BUSCOがシングルコピーの系統マーカー遺伝子を取り…
RNA seq
mapping
高速なツール
2013
Bioinformatics
chimera transcript
2016
Current Protocols in Bioinformatics
2019 2/15 動画とbiocondaによる install追加 2020 7/6 コメントとhelp追加 2021 10/9 gzip fastqのオプション追記 2021 12/5 chimera出力について追記 STARは高速なRNAのアライメントツール。intron-exonのsplit-alingmentに対応している。動作はbowtie2よ…
