macでインフォマティクス

macでインフォマティクス

HTS (NGS) 関連のインフォマティクス情報についてまとめています。

Current Protocols in Bioinformatics

BUSCOを使った系統解析

2022/09/13 追記、誤字修正 Current Protocols in BioinformaticsにBUSCOの使い方に関する論文が出ています。(引用1)。その論文のパートの1つ;”Support Protocol 3: BUILDING PHYLOGENOMIC TREES”では、BUSCOがシングルコピーの系統マーカー遺伝子を取り…

高速なRNA seqのマッピングツール STAR

2019 2/15 動画とbiocondaによる install追加 2020 7/6 コメントとhelp追加 2021 10/9 gzip fastqのオプション追記 2021 12/5 chimera出力について追記 STARは高速なRNAのアライメントツール。intron-exonのsplit-alingmentに対応している。動作はbowtie2よ…