macでインフォマティクス

macでインフォマティクス

HTS (NGS) 関連のインフォマティクス情報についてまとめています。

Current Protocols in Bioinformatics

ロングリードを用いたDe Novoゲノムアセンブリとマッピングのためのツールキット ntLink

ゲノムシーケンスデータの低価格化と入手の容易化に伴い、de novoゲノムアセンブリは、様々な下流の研究や解析への重要な第一歩となっている。そのため、計算効率の高い方法で高品質のゲノムアセンブリを作成できるバイオインフォマティクスツールが不可欠で…

アノテーションパイプライン MAKER

2008年の論文 移植可能で容易に設定可能なゲノムアノテーションパイプラインであるMAKERを開発した。MAKERの目的は、研究者が独立して真核生物ゲノムのアノテーションを行い、ゲノムデータベースを作成することである。MAKERはリピートを識別し、ESTやタンパ…

BUSCO遺伝子を使った系統解析のsnakemakeワークフロー

2022/09/13 追記、誤字修正 2024/01/16 タイトル修正、わかりにくい説明を修正 Current Protocols in BioinformaticsにBUSCOの使い方に関する論文が出ています。(引用1)。その論文のパートの1つ;”Support Protocol 3: BUILDING PHYLOGENOMIC TREES”では…

高速なRNA seqのマッピングツール STAR

2019 2/15 動画とbiocondaによる install追加 2020 7/6 コメントとhelp追加 2021 10/9 gzip fastqのオプション追記、12/5 chimera出力について追記 2024/02/20 情報を整頓 STARは高速なRNAのアライメントツール。intron-exonのsplit-alingmentに対応している…