jupyter notebook
MGnifyプラットフォーム（https://www.ebi.ac.uk/metagenomics）は、微生物由来の核酸配列のアセンブリ、解析、保存を容易にする。このプラットフォームでは、メタバーコード、メタトランススクリプトーム、メタゲノムなど、様々な環境由来のデータセットを…
マークダウンのビューアを持っていない人に向け、マークダウン記法で書かれた文書（例えばREADME.md）をPDFなどに変換してから送ることがあります。Pandocを使うとこの変換が簡単にできます。 User Guide https://pandoc.org/MANUAL.html Pandoc User’s Guid…
Introducing repo2dockerより repo2dockerは、Pythonで書かれた軽量のコマンドラインツールで、gitリポジトリへのパスやURLを受け取り、それに適したdockerイメージを作成します。これを実現するために、人間が行うであろうステップを踏んでいます。すなわち…
2020 7/21 コマンドでダブルスペースになっていた部分を修正 核酸のナノポアシーケンシングは、開発に30年近くを要し、現在では合成法によるシーケンシングの代替手段として確固たる地位を確立している(Deamer, Akeson, & Branton, 2016)。オックスフォード…
シーケンスロゴは、DNA、RNA、タンパク質の配列の生物学的特性を視覚的に説得力のある方法で説明するが、Pythonプログラミング環境内でそのようなロゴを生成してカスタマイズすることは現在のところ困難である。ここでは、公開品質のシーケンスロゴを作成す…
2020 5/11 誤字修正 2020 10/9 リンク追加 2020 11/8 論文リンク追加 3回にわたってjupyter notebookの簡単な使い方を説明してきました。 これまでの説明でjupyter notebookはどうやって使うのか、ある程度は伝えられたかと思います。ここで改めてJupiter no…
更新中 第３回の今回は、数式の表示とマジックコマンドについてです（第２回）。Jupyter Notebookに含まれるMarkdownパーサーはJSのMathJaxライブラリ（wiki）に対応しており、LaTex( ラテック、ラテフ)で書いた数式をノートブック上にレンダリングして表示…
2020 5/4 誤字修正 2020 5/5 リンク追加, 構成変更 Jupiter notebookの使い方を解説する記事の第２弾です（第一回はこちら）。今回はJupiter notebookがサポートしているMarkdown記法について説明します。Markdownはプレーンテキストの文書からマークアップ…
2020 5/2文章修正 2020 5/3 誤字修正 2020 5/4タイトル修正 2020 5/5 文章修正 2020 5/7 導入部分の文章と構成を変更 初心者向け解説記事第３弾の今回は、急速に普及が進んでいるjupyter notebookの導入と基礎的な使い方について説明します。Jupiter noteboo…
