2023/01/28 追記 シーケンサーデータの品質評価は、ダウンストリームデータ解析において重要な役割を担っている。しかし、既存のツールは、特に圧縮ファイルを扱う場合や、過剰発現解析のような複雑な品質管理操作を行う場合、最適とは言えない効率を達成す…

Bio-protocol Exchangeは、Bio-protocolジャーナルの姉妹プラットフォームサイト。研究者がプロトコルを議論したり、実験手順を共有する場として公開されている。実験プロトコルだけのプレプリントサーバーとしても機能している。 from bioprotocolbyte :A n…

非モデル生物のアノテーションは未解決の問題であり、特に非翻訳領域（UTR）の検出が重要である。UTRの正確なアノテーションはトランスクリプトーム解析において各遺伝子の発現を正確に把握するために非常に重要であるが、アノテーションパイプラインではほ…

2008年の論文 移植可能で容易に設定可能なゲノムアノテーションパイプラインであるMAKERを開発した。MAKERの目的は、研究者が独立して真核生物ゲノムのアノテーションを行い、ゲノムデータベースを作成することである。MAKERはリピートを識別し、ESTやタンパ…

2016年の論文より RNA-SeqやDNA-SeqのデータセットをゲノムにアライメントするためのプログラムGMAPとGSNAPは、生物学的手法の進歩に伴い、より長いリード、より大量のデータ、新しいタイプの生物学的アッセイを扱うために進化してきた。ゲノム表現では、SIM…

高精度なシーケンシング技術を開発するためには、プラットフォーム依存のシーケンシングエラーを理解する必要がある。bestは、高品質のリファレンスアセンブリにアライメントされたリードを取り込み、リードごとのメトリクス、サマリー統計、ゲノム区間ごと…

2023/02/15 追記 EVidenceModeler (EVM) は、真核生物の遺伝子構造を自動アノテーションするツールであり、真核生物の遺伝子構造を、利用可能なすべての証拠の重み付きコンセンサスとして報告するものである。EVMは、Program to Assemble Spliced Alignments…

計算機による遺伝子予測は、特に実験データの少ないゲノムに対して重要な問題であり続けている。様々なゲノムに容易に適応できるように設計されたSNAP遺伝子検出器を紹介する。また、SNAP遺伝子検出器のパラメータは、系統的に最も近いゲノムのパラメータと…

明けましておめでとうございます。今年もよろしくお願いいたします。 今年も忙しくなりそうなので、更新できるタイミングがあれば積極的に更新していきます。 GeMoMaは、進化的に関連するリファレンス種の遺伝子モデルを基に、対象種の遺伝子モデルを予測す…