macでインフォマティクス

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HTS (NGS) 関連のインフォマティクス情報についてまとめています。

Galaxy

バクテリアのインテグロンを同定する IntegronFinder2

2024/02/28 コマンド修正 インテグロンは柔軟な遺伝子交換プラットフォームであり、アクセサリー遺伝子をコードする複数のカセットを含み、その順序は特定のインテグラーゼによってシャッフルされる。移動性遺伝要素に組み込まれたインテグロンには、しばし…

バクテリオファージ・サテライトを同定する SatelliteFinder

バクテリオファージとバクテリアの相互作用は、ファージサテライト(バクテリア間の移動にファージを利用する要素)によって影響を受ける。サテライトは、防御システム、抗生物質耐性遺伝子、病原性因子をコードすることができるが、その数や多様性は不明で…

ノンスペシャリストのための系統解析webサービス NGPhylogeny.fr

系統樹の推論と解釈は、広範囲の生物学的領域(比較ゲノミクス、機能予測、メタゲノミクス、種同定、分類学、分子疫学、集団遺伝学など)を対象とする多数の研究で必要となる。Phylogeny.fr(ref.1)はもともと、次の手順に基づいてワークフローを実装するこ…